南京，作为大明的陪都，虽然繁华程度不及北京，但也算得上是江南的重镇。卢象升调任南京兵部尚书后，并没有因为被排挤而消沉。他深知，南京的地理位置十分重要，是大明江南地区的屏障。只要守住了南京，就能够保住大明的半壁江山，为日后的反攻打下基础。
上任伊始，卢象升就开始着手整顿南京的军务。他发现，南京的明军与北方的明军一样，存在着军纪涣散、军备废弛、士兵战斗力低下等问题。而且，南京的不少官员都沉迷于享乐，根本不关心国家安危。
卢象升当即决定，从整肃军纪入手。他下令严格执行军法，严惩那些克扣军饷、欺压百姓、沉迷享乐的官员和士兵。同时，他也开始加强对士兵的训练，提高士兵的战斗力。
为了提高士兵的训练积极性，卢象升亲自制定了严格的训练计划，并亲自到训练场监督士兵们训练。他与士兵们同甘共苦，一起吃粗粮，一起住军营，很快就赢得了士兵们的信任和爱戴。
在整肃军纪、加强训练的同时，卢象升也开始积极筹集粮草和军备。他深知，没有充足的粮草和军备，想要守住南京，抵御敌人的入侵，是根本不可能的。
南京地区经济发达，物产丰富。卢象升一方面向当地的富商大户募捐，筹集资金；另一方面，他也积极发展军屯，组织士兵
开垦荒地，种植粮食，以此补充军粮缺口。此外，他还派人前往江南各地，联络那些忠于大明的乡绅和义士，争取他们的支持。在卢象升的努力下，南京的军务逐渐走上正轨，军队的战斗力得到了显着提升，粮草和军备也得到了一定的补充。
然而，好景不长。就在卢象升积极整顿南京军务的时候，中原地区再次传来坏消息。李自成率领的农民军在经过一段时间的休整后，势力迅速壮大，先后攻占了河南、陕西等地的多个州县，直逼西安。而张献忠的残余势力也死灰复燃，在四川地区攻城略地，建立了自己的政权。
消息传到南京，卢象升心急如焚。他知道，中原地区是大明的腹地，如果中原失守，那么大明的半壁江山也将岌岌可危。他当即向朝廷上书，请求率军驰援中原，平定李自成和张献忠的农民军。
但此时的朝廷，已经被主和派官员所掌控。温体仁等人担心卢象升再次崛起，威胁到他们的地位，于是在崇祯皇帝面前百般阻挠，说卢象升在南京拥兵自重，意图不轨，不可再赋予他兵权。崇祯皇帝本就多疑，听了主和派官员的谗言后，再次对卢象升产生了怀疑，拒绝了他的请求。
卢象升得知朝廷的决定后，悲愤交加。他站在南京城的城墙上，望着北方的天空，心中充满了无奈和不甘。他知道，朝廷已经腐朽到了极点，依靠朝廷已经无法挽救大明的危局。但他并没有放弃，而是下定决心，依靠自己的力量，守护好江南地区，等待时机，再图反攻。
为了应对日益严峻的局势，卢象升进一步加强了南京的防务。他下令加固南京的城墙，增修防御工事，同时扩大军队规模，从江南各地招募青壮年加入明军。他还积极开展军事训练，将北方军队的作战经验传授给江南的士兵，提高他们的战斗力。
在整顿军务的同时，卢象升也十分重视民生。他知道，想要赢得江南百姓的支持，必须解决百姓的生计问题。他下令减免江南地区的部分赋税，发放赈粮，救助流离失所的百姓。同时，他还组织百姓兴修水利，开垦荒地，发展农业生产。在卢象升的努力下，江南地区的局势逐渐稳定下来，百姓们安居乐业，对卢象升也更加爱戴和拥护。
然而，北方的局势却越来越糟糕。李自成率领农民军攻占了西安，并在西安建立了“大顺”政权。随后，李自成亲率大军，向北京进发。一路上，明军望风披靡，纷纷投降。崇祯十七年三月，李自成率领农民军攻占了北京。崇祯皇帝在煤山自缢身亡，大明王朝就此覆灭。
消息传到南京，整个南京城陷入了一片混乱之中。官员们惊慌失措，百姓们人心惶惶。不少官员主张投降李自成，或者逃到南方避祸。卢象升得知消息后，悲痛欲绝。他穿着丧服，跪在南京的皇宫前，哭祭崇祯皇帝和大明王朝。
哭祭完毕后，卢象升站起身，目光坚定地对在场的官员和士兵们说道：“崇祯皇帝殉国，北京沦陷，但大明并未灭亡！江南地区依然在我们手中，只要我们团结一心，坚守江南，就一定能够复兴大明！”
在卢象升的号召下，南京的官员和士兵们逐渐稳定了情绪。他们纷纷表示，愿意跟随卢象升，坚守江南，复兴大明。随后，卢象升与南京的官员们商议，拥立福王朱由崧在南京登基称帝，建立了南明政权。
朱由崧登基后，任命卢象升为东阁大学士兼兵部尚书，统筹南明的军事要务。卢象升深知，南明政权刚刚建立，根基不稳，面临着李自成的大顺政权和后金（此时已改国号为清）的双重威胁。他当即制定了“先安内，后攘外”的战略方针，先集中力量平定江南地区的农民起义残余势力，稳定内部局势，然后再联合各地的抗清力量，共同抵御清军的南下。
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