再说说李自成，在十六年五月吞并了袁时中之后，就在荆襄地区大规模地建造战舰，想着在荆州称王。他派了亲信大帅二十九个人，分别去把守各个郡县的要害之地，还让刘宗敏统领步兵，白旺统领骑兵。李自成带兵行军的时候，那可是神秘得很，就连他身边的人都不知道要去哪里。但是他那百万大军，只听他一个人的指挥，就像一阵风一样，所到之处，势不可挡。遇到大河的时候，他们就用袋子装土堵住上游，然后渡河过去，那场面，可真是壮观。
李自成这人啊，那可是个有谋略的主儿。每次有啥事儿要谋划的时候，他就把大家伙儿召集到一块儿，让大家各抒己见，畅所欲言。他自己呢，也不着急表态，不说这主意是好是坏，就在那儿偷偷观察，心里头琢磨着，最后就把那些好的主意偷偷用起来，这心思，可够深的。而且啊，他还有个规矩，要是哪个城的人一看他来了，望风而降，那他就不杀这些人。可他对自己的亲哥哥可就没这么客气了，他哥哥从秦中过来找他，他倒好，直接把哥哥抓起来给杀了，这事儿办得，真让人摸不着头脑。李自成没有亲儿子，就把李双喜收为养子。那段时间天下大乱，这一乱就是十来年，从北京往南，南京往北，这纵横好几千里的地界，那是一片凄惨景象，到处都是白骨，人烟稀少得很，路上几乎都见不着几个行人。
话说当时的皇上把保定巡抚徐标召进宫来问话。徐标见了皇上，就说道：“陛下啊，臣从江淮那边过来，一路上好几千里地，那是一片荒凉，啥都没有。就算是有城池，也只剩下四面光秃秃的墙壁，到处都是野草，连个鸡叫狗吠的声音都听不到，臣一路上都没碰到一个种地的人。陛下，您说这天下都成这样了，可怎么治理啊？” 皇上听了这话，那是又伤心又无奈，眼泪吧嗒吧嗒地就掉下来了。为了安抚民心，皇上又是祭祀那些难民，又是祭祀阵亡的将士，还祭祀各个亲王，在皇宫里做起了佛事，就盼着能祈求太平，还下了诏书，反省自己的过错。完了之后，皇上赶紧催促督师孙传庭，让他抓紧时间去平定叛乱。
到了八月，孙传庭带兵驻扎在阌乡，一鼓作气攻克了宝丰，把那个伪州牧陈可新给杀了。接着又带兵进入唐县，把那些造反的人的家眷全部杀掉。孙传庭又收复了郏县，李自成带兵来迎战，结果被打得大败。当时孙传庭的前锋部队收编了左、革的旧部，这些人都拼了命地去攻打李自成的部队。高杰统领的那些投降的将领，对其中的情况那是了如指掌。李自成不甘心失败，又派他的弟弟一只虎李过带兵去迎战，结果打了三仗，败了三仗。李自成没办法，只能逃到襄城，各路官军步步紧逼。李自成是接连吃败仗，没办法，就带着人挑土筑墙，打算先守住自己。可没过多久，粮食就吃完了，士兵们一个个都饿得面黄肌瘦。
李自成这时候就开始琢磨下一步该往哪儿走了。牛金星就提议说：“咱先去拿下河北，然后直接攻打京师，来个直捣黄龙。” 杨承裕却有不同的想法，他说：“依我看啊，咱还是先占据河南比较好。” 就在大家各执己见的时候，顾君恩站出来说：“不对不对，你们说的都不行。要是先占据留都，咱的地势处于下游，想要成就大事可不容易，这计策太缓慢了；要是直接攻打京师，万一打不赢，到时候连退路都没有，这计策又太急了。依我看啊，咱应该先拿下关中，那可是元帅的家乡，秦地山河险要，足以让咱们建国立业。然后再向三边扩张，借助那里的兵力，拿下山西，最后再攻打京城，这样进可攻，退可守，才是万全之策啊。” 李自成一听，觉得顾君恩说得有道理，就采纳了他的计策。
李自成正准备按照这个计划去攻打关中呢，谁知道天公不作美，连着下了十几天的大雨。这一下雨可把孙传庭的军队给害惨了，军饷都供应不上了，士兵们在汝州就开始闹事。这时候，投降的将领李际遇还偷偷和李自成勾结。李自成一看机会来了，带着大批骑兵就杀了过来。官军和李自成的军队一交战，就中了李自成的埋伏，被打得大败。孙传庭和高杰没办法，只能逃到河北去了。李自成则带兵朝着潼关进发，孙传庭也赶紧整顿兵马，朝着潼关赶去，这时候他手下还有四万人马。
一只虎李过带兵攻下了阌乡，马不停蹄地朝着潼关奔去，还缴获了督师的大旗。李自成拿着这面大旗，假装是官军，骗守关的人，突然就冲进了潼关。官军一下子就乱了阵脚，大败而逃。李自成顺利入关，往西进军。一只虎又攻下了华阴，孙传庭没办法，只能退到渭南驻扎。到了冬十月，李自成集合了几十万的人马，攻打渭南。这一仗，孙传庭战死沙场，杨暄被抓了之后宁死不屈，也被杀害了。李自成接着又攻下了商州，商洛道黄世清也死在了这场战斗中。李自成一路势如破竹，攻下了西安，陕西巡抚冯师孔、按察使黄炯、长安知县吴从义、指挥崔尔达、秦府长史章世炯等人都在抵抗中牺牲了。李自成占据了秦王府，俘虏了秦王，还假模假样地给秦王封了个权将军。这秦藩那可是富得流油，拥有数百万的资产，这下全成了李自成部队的囊中之物。李自成又分兵去攻打各个郡县，那些郡县也都被他给攻破了。李自成还把西安府改成了长安，在城里大肆搜刮那些有钱人家的财物，用来充当军饷。
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