袁可立拜命就道，从河南睢州出发路经金乡就遇到白莲乱军，袁可立带领家丁冠带披甲直冲敌垒，连自己60岁的夫人都亲上战场擂鼓助阵。“公填抚登镇，适莲妖东奴交讧，而夫人从公戎马，亲抱桴鼓不以为惧。”“公出登莱时，莲贼初在金乡，猝与遇，单骑麾之，败麇散去，徐用登师捣其后，是以有兖东之功。”袁可立传檄发登兵七千余名与山东巡抚赵彦调兵剿而抚之，严缉首者，胁从不问，令流民各自还乡生产。
袁可立抚登三载，坐临登莱，开创东江，厉兵秣马，练兵用戚继光“水军先习陆战”之法，积有战船四千艘，组成了一支五万余人的水师陆战军队，与枢辅孙承宗、津抚李邦华、毕自严、总兵毛文龙、沈有容等戮力策应。“一方豪杰皆在老公祖幕下，士气自倍，人心自归。”而兵戎之盛甚称规模：“划城一面，出纳战舰，黄龙青雀，首尾相接，万橹千帆，簇簇其中。”
袁可立锐意规划，整肃军纪，操练水师，打造战舰。沿海增置炮台，形成“百里棋布，鼎足传烽”的犄角之势，使登莱武备大为增强，成为辽东前线的海岛基地，确保了明朝沿海疆域一带的平安，并大大牵制削弱了后金对明山海关一带的战斗力。
袁可立拓地筑城，招集安置大量逃难流民，屯兵各岛间，步步向前推进海上防御，使具有雄才大略的努尔哈赤就地蜷缩无以西窥。“时白莲妖人徐鸿儒猖獗于西，毛文龙跋扈于北，高丽亦不靖，征调繁兴所在惊惶。可立筹划镇定之，民得安堵”。
袁可立抚登期间，市农工商安居乐业。小海沿岸水榭遍布，歌乐之声，通宵达旦。在袁可立的治下，一时出现了“峰顶通望处，逐设烟墩，屯田农幕，处处相望，商船战舰之抛泊近岸者不知其数”的繁荣整饬景象。有明一代，登莱巡抚计十四任，袁可立最有作为，是唯一被列入登州名宦祠的登莱巡抚，造就了登州水城的兵戎最盛时期。
首辅孔贞运赞叹道：“读大司马节寰袁公抚登章奏，知老成御侮，其绸缪定倾如此”。抚登数载，“海无传烽，亭有息鼓”。皇帝嘉奖道：“兵部右侍郎兼都察院右佥都御史袁可立，清任以和，直方而大；精神折冲于千里，文武为宪于万邦。”枢辅孙承宗评价道：“读后先大疏，皎皎揭日月，行中天而底里洞彻，殊令人可味，可展布四体，仰酬国恩。”
袁可立受命赞理东征军务，备兵防海，“节制两镇，凡一应兵马钱粮、征收调遣、防剿功罪尽归经理”。当其之时，一方豪杰皆在老公祖幕下，他运筹帷幄，节制悍将毛文龙、指挥大将沈有容和张盘飞船往来攻袭于辽海各岛间，战线绵延至千余里，多次挫败后金对明朝沿海一带的侵扰。
袁可立利用地震的“示警”作用再次向朝廷奏报，要求拨付足够的费用修战舰，备器械，预筹毛帅之接济，更呼吸岛帅毛文龙，驶千帆继其糒。时后金“出没于长山、旅顺间，漕艘贾舶多为所梗。”袁可立在“去鼍矶岛四百里”的水域广布水师，“逾铁山联广鹿岛”，又“于皇城岛设参将、守备各一员，练兵三千，以为登莱外薮。又设游兵两营，飞樯往来策应于广鹿诸岛。制炮设墩，旌旗相望。”又设南游、北游两营，各分讯地，侦逻于广鹿诸岛之间，时东时西，忽远忽近，使敌望之不知所攻，亦不知所守，因劳为逸，反客为主，布帆草筏于是绝迹。如遇运艘经过，便当拨兵防护，期保无虞，从此琉球、朝鲜海运得通，开创了中国军队国际护航的先河历史。
努尔哈赤下令大肆屠戮旅顺和金、复一带的百姓，袁可立令登莱水师大兵出海，“联络诸岛，收复旅顺”，以图解救沦陷区内的离散百姓。袁可立奏报朝廷：“登莱之水师实榆关之犄角，臣与镇道图画者数月。诸凡操练将士、修验船只、合并营伍、简汰官兵稍有次第。”他亲自挑选精兵“三千六百人，俾总兵沈有容领之先发”，“出海于旅顺、皇城、广鹿、平山等岛，相机进剿”。而副将李性忠所领数千辽左健士，袁可立亲自“于三月十二日饯而送之，嘱以相机进止以固榆关，以联毛帅。”为之饯行，大兵所到之处，“舳舻相接，奴酋胆寒。”后金放弃“金、复不守，而以西虏二万人守盖”，这时袁可立的布局还有一个重要目的，就是大兵压境震慑南四卫，暗中策应后金复州总兵刘爱塔反正归明。
袁可立令两镇兵马奇兵出袭，沈有容起兵策应于南，毛文龙抄袭于北，命总兵沈有容于三月十三日率兵出海相机接应。贼见登兵北来，毛帅之兵又交相接应，登兵与岛帅布置相应。张盘率领军队和登莱招抚的辽民混编的队伍一举打下金州，乘胜收复要塞旅顺、望海堡和红嘴堡等战略要地，使辽南数百里土地重新收归于明朝。
总兵毛文龙自统八千马步精锐，从镇江、汤站一路进击剿杀，至镇江、汤站、凤凰城等处安营下寨，以图进剿，四面出奇以蹑其后，从昌城过满浦以捣其巢。朱家龙从千家庄出击，王辅从凤凰城进军，曲承恩出兵昌城，易承恩直捣满浦。复地自金州至永宁堡、旅顺、岫岩、盖州……汤站、凤凰城并镇江一带，计地千有余里。
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