黄尊素，初名则灿，字真长，号白安，一作白庵，浙江省余姚县人，着名学者黄宗羲之父。力陈时政十失，忤魏忠贤，被夺俸一年，后又上疏论事，再忤魏忠贤意，被削籍归。不久，被逮入都下诏狱，遂自尽。与同为阉党所害的高攀龙、周起元、缪昌期、周顺昌、周宗建、李应升并称“后七君子”，与汪文言并为“东林党的两大智囊”。
黄尊素，任命为宁国推官，精敏强干，提拔御史，请假回家。第二年冬天回到朝廷，上疏请求召回余懋衡、曹于汴、刘宗周、周洪谟、王纪、邹元标、冯从吾，而弹劾尚书赵秉忠、侍郎牛应元、通政丁启睿愚蠢迟钝，赵秉忠、牛应元都辞职离开了。
山东起义被镇压后，起义军余部又煽动起来，巡抚王惟俭无法控制，黄尊素上疏议论说：“巡抚本来是从内外选拔任用的，如今都任用京官，不如推举任用训练有素的地方官员。”又多次陈述边防事务，极力诋毁大将马世龙，违背了枢辅孙承宗的意图。这时皇帝即位已有好几个年头了，从没有召见过大臣，黄尊素请求恢复在便殿面对面召见大臣的先例，当面决定国家大事，否则也可利用讲解经史的机会，让大臣们面对面商讨可不可以执行，皇帝没有采纳。
大风吹起黄沙，昏天蔽日，还伴有敲鼓一般的响声，一连十天都是如此，京师发生三次地震，乾清宫震动得尤其厉害。正好皇帝身体欠佳，人心惶惶不可终日，黄尊素极力陈述时事政策的十大过失，最后说：“陛下压制轻视言官，使人人都有所忌讳，这才有人只提些皮毛小事，不敢冒犯当权者。如今近臣重过赵娆，禁旅与唐末相近，萧墙之祸患比敌国还惨。朝廷没有运筹帷幄的大臣，边防没有制敌取胜的将领。掌权的人对国家的安危愚昧无知，捣乱的人对于失败的局面多方掩饰。不在此时举荐贤才斥退不肖之人，反而厌恶刚毅正直的人，把他看作仇敌，陛下难道就不为国家考虑吗？”奏疏递入，魏忠贤大怒，图谋将他处廷杖刑，韩爌大力营救，于是只剥夺一年俸禄。
不久，杨涟弹劾魏忠贤，被下旨责备，黄尊素很愤怒，接着上疏说：“天下有政权归于近旁宠幸之人，皇帝大权旁落，而国家太平英明的吗？天下有中外纷扰，没有不想从瓜分国家得到一份好处，而还能将国家交给左右的人吗？陛下一定以为曲意奉承，小心谨慎的人可以重用，不知道不远离这些人，就不能使无所畏忌的人得到任用。陛下一定认为只有我才能驾驭，不知道不能驾驭时，则已不可收拾了。陛下自登基以来，公卿台谏一个接一个地被罢免回家，使得在位的人没有长远打算。这还不叫孤立，却将一个近侍的离开叫作孤立吗？如今魏忠贤违法的情形，廷臣已揭露无疑。陛下如果不早做决断，当他看到前途无望，狗急跳墙，还会有什么顾虑呢？魏忠贤是一定不肯收回他那放纵的野心的缰绳来悔过自新的。魏忠贤的私党，一定不肯收回他们那谋取私利的船桨，而任其默默消融的。开始还只是与官员为仇，接着将把至尊的皇位作为赌注。基础防护既已牢固，谁还能把他们怎样。不仅台谏不足以挫败他们，即使是动用武力也难以奏效了。”魏忠贤得到奏疏更加不满。
万燝被廷杖后，又想廷杖御史林汝翥，各言官到内阁去争论，数百个小太监拥进内阁中，挥舞着拳头大声叫骂，各内阁大臣都低着头不敢说话，黄尊素厉声说：“内阁重地，即使是司礼没有接到诏书也不敢到来，你们这帮人竟敢如此无礼！”于是，众太监慢慢散去，没多久，万燝因受重伤死去。黄尊素上奏说：“按照法律，不是叛逆等十大罪状不判处死刑，如今如今让披肝沥胆的忠臣，竟然死于磨牙咧齿的小人之手。这帮小人一定奔走相告，说是可以利用皇帝的特权，来鞭打百官。后代有这样的人，他继承了董狐的笔法和朱熹的《通鉴纲目》，于是写道：‘某月某日，郎中万燝因为进谏国事被廷杖打死。’这岂不是连累了皇上的圣德么！进呈廷杖这种说法的人，一定说这是祖宗的制度，殊不知正统、正德年间，王振、刘瑾实行它；世祖、神宗年间，张璁、严嵩、张居正执行它。奸邪小人想放纵自己的私欲，害怕忠臣义士的牵制，一定得用廷杖发泄他们的私愤，使得皇帝蒙受拒绝进谏的罪名，自己掌管实际权力，而仁人志士且有被牵连的危险。于是乎小人为所欲为，毫无顾忌，而嫁祸于国家。万火景已经死了。侮辱杀戮正直的人，不能开这个先例。乞求恢复万燝原有的官职，破格赐给他照顾，让他的后人亲自护送棺材返回故乡，万燝死而不朽。”奏疏递入，更加违背魏忠贤的意图。
河南进贡玉玺，魏忠贤想夸张这件事，命令从大明门进城，实行接受玉玺的礼仪，百官奏表称贺，黄尊素上奏说：“过去宋哲宗得到一个宝玺，蔡确等人争着说是好兆头，改年号为元符，宋朝国运最终不能长久。本朝弘治年间，陕西进献玉玺，只是命令送进朝廷，给赏钱五两。这是祖宗的先例，应该依此办理。”这事就这样中止了。被派往陕西巡视茶马互市，刚出北京城，叛党曹钦程揭发他专门攻击好人，助长了高攀龙、魏大中的嚣张气焰，于是被削籍为平民。
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