“怀一发觉计谋暴露，感到事情不妙，便率领一万六千人前往赤嵌，见物就毁，见人便杀。”（《荷兰人侵占下的台湾》）
“初七夜伏兵于外，放火焚市街。居民大扰，屠荷人，乘势破赤嵌”。
此时的赤嵌，城堡尚未修好，只有一些简单的营寨和栅栏，还有一百个荷兰士兵。
一万六千义军呼喊着“驱逐红毛鬼”的口号，蜂拥而入，马利纳斯只有一百人，抵挡不住。
此时，他头发乱了，衣服也破了，再不敢说什么要抓住郭怀一、像猴子一样展览的狂话，拼命地骑马向热兰遮城逃去。跟他一起逃出的，仅有三个马夫，其他都被义军杀得光光。
“马夫长马利纳斯仍能设法逃脱，他骑在马上，手执利剑，率领其他三个马夫冲出赤嵌，来到热兰遮，向费尔堡报告所见情况。”（《荷兰人侵占下的台湾》）
见到马利纳斯，费尔堡知道事情紧急。必须立即将起义镇压下去，不然其他村社响应士美村，事态就控制不住了。
他命令丹克队长率一百二十个荷兰士兵，和招募的新港、麻豆、肖垅、目加溜湾等社的两千“土番”去赤嵌镇压义军。
荷兰人少，为了有效地统治台湾，招募了数千土着士兵。这些士兵很便宜，给他们的报酬不过是每人一匹粗棉布。（达维亚评议会给费尔堡长官的信》：“福摩萨人仍然忠诚于我们，英勇地消灭了叛乱者，阁下赏给他们每人一匹粗棉布，做得很对”）。
一万多义军和两千多殖民军在赤嵌展开了激战。
义军大部分是农民，除一些人持有武器外，大多数只有棍棒和竹竿。荷兰人手里却清一色地拿着火枪，在排成方阵的火枪连续射击下，义军被击溃了，郭怀一、龙官阵亡。
关于这场战役，荷兰人是这么记载的：“丹克队长率领一百二十个荷兰人，加上二千名信奉基督教的福摩萨人的援助，不久便击溃了敌人。”（《荷兰人侵占下的台湾》）
郭怀一、龙官战死后，吴化龙率义军突围至欧汪、大湖（今高雄市郊区）一带，继续坚持了八天，最后因粮尽援绝失败。
事后，荷兰人开始杀人，血腥屠杀足足持续了半个月之久。仅在赤嵌地区，就有四千个男人、五千个妇女及一些儿童被俘或被杀。
此战之后，荷兰人改变了对明国人的看法，“在福摩萨的明国人被看做不堪一击，以为他们都是文弱怯懦、不能打仗的。据荷兰人估计，二十五个明国人合在一起，还抵不上一个荷兰兵”。
他们很快就会为他们的这种狂妄自大，付出代价。
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