兴平二年（195年），孙策从历阳渡江，打败了刘繇，刘繇放弃丹徒西逃。
于是，孙策令朱治从钱塘进攻吴郡，吴郡太守许贡在由拳抵抗朱治。
朱治大败许贡，许贡逃走依附山贼严白虎，朱治便代理吴郡太守的职责。
袁术在寿春得知孙策击走刘繇后，上表奏请孙策为殄寇将军，把周尚召回寿春，并派其堂弟袁胤取代周尚任丹阳太守。
建安元年（196年），孙策进攻会稽，在王朗溃败投降后，会稽平定。
孙策在占据会稽后，将原有长吏全部更换，自己兼任会稽太守。
另外，孙策以吴景为丹杨太守，以孙贲为豫章太守。
孙策又分豫章另置庐陵郡，以孙贲弟弟孙辅为庐陵太守，朱治为吴郡太守。
彭城人张昭、广陵人张纮、秦松、陈端等为谋士。
同年，孙策派遣奉正都尉—刘由、五官掾—高承拿着孙策的奏章拜谒许都朝廷，并向朝廷进贡礼物。
建安二年（197年），袁术占有传国玉玺，正式僭越称帝。
孙策给袁术写信，劝其不可如此作为，袁术不听所劝。
于是，两人绝交，不再有往来。
同年，曹操派议郎—王誧携带汉献帝的诏书给孙策，任命他为骑都尉，袭父爵乌程侯，兼任会稽太守，并命他与吕布、陈瑀等一起讨伐袁术。
孙策觉得自己统领这么多兵马，骑都尉的职务有点低了，想得到个将军的封号。
于是，孙策派人向王浦透露了这个意思，王浦当即以皇帝的名义宣布孙策权代明汉将军。
当时，陈瑀军驻东海军海西。
孙策按诏书要求，整顿兵马，要去与吕布、陈瑀会面，谋划军机，参同形势。
但他率军走到钱塘时，情况却发生了变化。
原来，陈瑀想要乘机夺取孙策的地盘。
他派人秘密渡江，拿着三十多个印信给丹杨、宣城、泾县、陵阳、始安、黟县、歙县等地的大帅祖郎、焦已及吴郡乌程严白虎等，让他们作内应，等孙策的部队一开拔，马上攻取他的郡县。
孙策发现这一阴谋，不禁大怒，派吕范、徐逸统兵直扑海西，大破陈瑀，俘获他的将士、妻儿等共四千多人。
陈瑀往北逃奔袁绍。
建安三年（198年），孙策派徐琨赶走袁术所派的丹阳太守袁胤，平定宣城以东各地。
之后，孙策迎接刚从袁术处回来的吴景担任丹阳太守，并亲自进攻丹阳泾县以西。
他先进击陵阳，擒获祖郎；又进击勇里，擒获自封丹阳太守的太史慈。
孙策平定丹阳回师吴郡后，拜太史慈为折冲中郎将，授祖郎为门下贼曹。
这时，袁术之前任命的周瑜为居巢长，鲁肃为东郡长。
但二人都知道袁术难成大器，在孙策平定丹阳时，相继弃官渡江来投奔孙策。
孙策亲往迎接周瑜，拜建威中郎将，当即给周瑜增兵二千人，马五十匹。
又给周瑜鼓吹等军用乐队，兴建府院住处，所赠赐的东西在军中无人能比。
也是从这一年开始，周瑜一直跟随孙策征战，并与周星月聚少离多。
同年，孙策又向汉廷贡献礼物，规模是建安元年的两倍。
汉廷任命他为讨逆将军，封为吴侯。
建安四年（199年），孙策正准备与曹操、董承、刘璋并力讨伐刘表和强弩之末的袁术。
军队已经整装待发之时，结果，袁术却得病而死。
在袁术死后，袁术的部下杨弘、张勋欲投奔孙策，不料却被庐江太守刘勋截击，全体被俘。
而袁术的堂弟袁胤、女婿黄猗等人，也慑于曹操的威力，不敢守卫寿春。
他们抬着袁术的棺木，带领袁术的家小和部曲男女，到皖城投奔刘勋。
孙策以谦恭的言辞，丰厚的礼物，劝说刘勋攻取上缭。
在刘勋成行后，孙策率军绕袭刘勋的大本营皖城，一举攻破。
随后，孙策又打败了前来救援刘勋的黄祖之子—黄射。
十二月八日，孙策进至黄祖屯兵的沙羡，刘表派侄儿刘虎和南阳人韩曦带领长矛队五千人赶来支援黄祖。
十一日，孙策率领周瑜、吕范、程普、孙权、韩当、黄盖等同时进攻黄祖军。
最后，黄祖只身逃走，其妻妾子女共七人被孙策抓获。
刘虎、韩曦并两万余部重被杀，跳水溺死者达一万余人。
孙策缴获船只六千余艘，财物堆积如山。
建安五年（200年）初，孙策大败黄祖后东进豫章，驻军椒丘。
孙策对虞翻说：“华歆名闻于世，但绝非我的对手。如果不早归附，将来金鼓一震，战局一开，生灵涂炭，在所难免。你先进城去，把我的意思说给他听。”
虞翻领命进城，见到豫章太守—华歆，陈明利害，华歆举城投降。
因刘繇病故于豫章，孙策顺便将刘繇的灵柩带回归葬，并且带回其遗孤刘基等诸子，这一举动受到了王朗的来信称赞。
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