烧毁纸条的余烬随风飘散，林砚的眼神在夜色中愈发锐利。内奸的存在如芒在背，他必须在拟定抗倭方案的同时，暗中展开调查。次日一早，林砚便拟好详细的抗倭方案，分别递交给山东都指挥使司和济南府，随后即刻启程返回青州——那里有他最信任的士兵，也是追查内奸的最佳起点。
返程途中，林砚刻意绕路经过沿海几个卫所，不动声色地观察着各卫所的布防和官员动向。他发现，登州卫、青州卫的布防虽有疏漏，但整体还算严密，唯有莱州卫的布防显得格外诡异——多处关键隘口的巡逻时间与他此前得知的倭寇袭扰时间高度吻合，且卫指挥使赵坤在与他交谈时，眼神躲闪，言辞含糊，频频打探他的后续行动计划。
“赵指挥使，此次莱州解围，多亏你坚守城池，才有后续的内外夹击之机。”林砚故意试探道，“不过据我所知，倭寇攻城前，你曾向都指挥使司求援，为何求援信发出三天才送达？”
赵坤脸色微变，连忙辩解：“回将军，当时倭寇已经封锁了周边道路，信使只能绕远路，故而延误了时机。”
林砚心中冷笑，并未当场戳穿。他早已从莱州府知府口中得知，当时倭寇尚未完全封锁道路，正常信使最多两日便可抵达济南。赵坤的辩解，更让他加深了怀疑。
抵达青州后，林砚第一时间召集王虎等核心将领议事。他没有直接点明内奸之事，而是先公布了组建精锐机动部队和招募乡勇的计划。果不其然，消息传出三日后，就有士兵汇报，发现青州卫一名文书偷偷溜出营地，与城外一名可疑人员接头。
“按兵不动，密切监视。”林砚沉声下令，“让弟兄们装作毫无察觉，继续按计划开展训练和招募工作，我要看看这内奸背后，到底牵扯到谁。”
接下来的几日，林砚故意放出“十日后续航出海，围剿倭寇海上据点”的假消息，同时暗中调配兵力，在营地周围和沿海要道设下埋伏。不出所料，那名文书再次偷偷传递消息，被埋伏的士兵当场抓获。
审讯室内，文书起初还想狡辩，但在林砚拿出他与可疑人员接头的证据后，顿时瘫软在地，如实招供。原来，他正是赵坤安插在青州卫的眼线，而赵坤早已被倭寇用重金收买，多次向倭寇泄露沿海卫所的布防、求援信息，甚至在此次莱州攻城战中，故意延迟求援，想借倭寇之手削弱林砚的势力。
“好一个赵坤！”林砚怒不可遏，当即下令，“王虎，你带领五十名精锐士兵，即刻前往莱州卫，以议事为名，将赵坤擒获，押回青州审讯！切记，不可打草惊蛇！”
王虎领命而去，凭借着熟练的战术配合，顺利将毫无防备的赵坤擒获。在确凿的证据面前，赵坤无从抵赖，不仅承认了自己通倭的罪行，还供出了另外几名被倭寇收买的基层军官。林砚当即下令，将赵坤等人依法处置，并迅速清洗了各卫所的内奸势力，彻底消除了内部隐患。
清除内奸后，林砚的抗倭计划得以顺利推进。在济南府的配合下，沿海各州县纷纷张贴告示，招募抗倭乡勇。由于林砚此前多次击败倭寇，保护百姓的事迹早已传遍沿海，告示张贴后，无数深受倭寇之害的百姓踊跃报名，短短半个月便招募到两千多名乡勇。
林砚将招募到的乡勇与各卫所挑选的精锐士兵整合在一起，组成了一支三千人的机动部队。他沿用此前的训练方法，结合《纪效新书》的理念，对部队进行系统训练，同时亲自监督兵器锻造，为士兵配备了改良后的长枪、长刀和弓箭，大幅提升了部队的战斗力。
与此同时，朝廷的批复也送达青州，同意了林砚的抗倭方案，并调拨了一批粮草和军饷予以支持。沈从义见林砚不仅清除了内奸，还组建了战斗力强悍的机动部队，也改变了此前的敷衍态度，主动协调各卫所配合林砚的行动。
经过一个多月的训练，机动部队已具备极强的战斗力。林砚根据此前审讯倭寇头目和内奸得到的信息，得知倭寇主力盘踞在山东沿海的几个岛屿上，时常乘船袭扰沿海州县。他当即决定，主动出击，围剿倭寇的海上据点。
“传我命令，部队分成五组，分别乘坐改良后的战船，连夜出发，围剿长山岛、庙岛等倭寇据点！”林砚站在指挥船上，大声下令，“务必做到速战速决，不给倭寇喘息之机！”
当晚，月色昏暗，海风呼啸。林砚带领机动部队，乘坐战船悄然出发。战船采用了林砚结合现代知识改良的设计，速度更快，稳定性更强，还配备了简易的火炮，威力十足。
次日凌晨，战船抵达长山岛。岛上的倭寇正在熟睡，根本没有察觉到危险的降临。林砚一声令下，士兵们纷纷跳下战船，如猛虎下山般冲进倭寇营地。经过两个多时辰的激战，岛上的两百多名倭寇被全部歼灭，营地内的粮草、兵器被尽数烧毁。
随后，林砚带领部队接连围剿了庙岛、芝罘岛等多个倭寇据点，共斩杀倭寇八百余人，俘虏三百余人，摧毁倭寇战船五十余艘。剩余的倭寇吓得魂飞魄散，纷纷乘船逃离山东沿海，再也不敢轻易袭扰。
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