监国之位既定，朱聿键便开始着手整顿内政。他深知，福建是隆武政权的根基，只有将福建治理好，才有实力对抗清军，恢复中原。
首先是吏治。明末吏治腐败，贪官污吏横行，百姓苦不堪言。朱聿键下令，在福建范围内开展大规模的吏治整顿，严惩贪官污吏，选拔贤能之士。他任命黄道周为吏部尚书，负责官员的考核和选拔。黄道周为人正直，嫉恶如仇，是整顿吏治的最佳人选。
黄道周接到旨意后，立即雷厉风行地展开工作。他制定了严格的考核标准，对福建各地的官员进行全面考核。对于那些贪污受贿、欺压百姓的官员，一律革职查办，情节严重者，就地正法。对于那些清正廉洁、政绩卓着的官员，则予以提拔重用。
一时间，福建官场风气为之一清。许多贪官污吏闻风丧胆，纷纷主动辞官或者收敛行为。百姓们则拍手称快，对隆武政权充满了期待。
与此同时，朱聿键还下令减轻百姓的赋税负担。明末以来，战乱频繁，赋税沉重，百姓早已不堪重负。他废除了弘光政权遗留下来的各种苛捐杂税，减免了福建各地的田赋和徭役。同时，他还鼓励农民开垦荒地，兴修水利，发展农业生产。对于开垦荒地的农民，给予三年免税的优惠政策；对于兴修水利的地方官员和百姓，给予表彰和奖励。
为了筹集军饷，朱聿键还采取了一系列措施。他下令清查各地藩王和官僚的财产，要求他们捐献财物，支援抗清事业。对于那些拒不捐献的藩王和官僚，朱聿键毫不留情，下令抄家充公。郑芝龙等权臣虽然心中不满，但迫于朱聿键的压力，也不得不象征性地捐献了一些财物。
朱聿键还十分重视商业的发展。福建沿海地区商业发达，尤其是海外贸易。他下令开放海禁，鼓励商人开展海外贸易，征收关税以补充军饷。同时，他还整顿了盐铁专卖制度，打击走私活动，增加政府的财政收入。
在朱聿键的一系列举措下，福建的经济逐渐恢复，社会秩序也趋于稳定。百姓们安居乐业，对隆武政权的支持度越来越高。然而，朱聿键深知，这只是万里长征的第一步。郑芝龙等权臣的势力依然强大，他们对自己的各项举措阳奉阴违，暗中处处掣肘。
郑芝龙原本以为，拥立朱聿键监国后，自己可以独揽大权，割据福建。但朱聿键的一系列举措，却让他的如意算盘落了空。朱聿键整顿吏治，打击贪官污吏，触及了郑芝龙集团的利益；减轻赋税，清查财产，又让他损失了不少财物；开放海禁，整顿盐铁专卖，更是直接影响了他的商业垄断地位。
郑芝龙心中怨恨，开始暗中与朱聿键作对。他故意拖延军队的训练和粮草的筹集，对朱聿键下达的命令敷衍了事。同时，他还暗中联络清军，为自己留后路。
朱聿键对此早有察觉。他知道，郑芝龙是自己最大的威胁。但他现在还没有足够的实力与郑芝龙翻脸，只能暂时隐忍，暗中积蓄力量。
为了培养自己的势力，朱聿键开始重用黄道周、张肯堂等忠臣，同时选拔了一批年轻有为、忠于自己的官员。他还下令在福建各地招募士兵，组建一支新的军队。这支军队由自己直接掌控，不受郑芝龙的节制。
然而，组建军队需要大量的军费和粮草，这又遭到了郑芝龙的阻挠。郑芝龙以福建财政困难为由，拒绝为新军队提供军费和粮草。朱聿键无奈，只能动用自己清查藩王和官僚财产所得的财物，以及通过海外贸易征收的关税，勉强维持军队的组建。
就在朱聿键积极整顿内政、组建军队的时候，清军已经开始南下。顺治二年，清军攻克南京，弘光帝被俘。随后，清军兵分几路，向东南、西南等地进军。福建的局势日益危急。
朱聿键紧急召集众大臣商议对策。殿内，众大臣神色凝重，争论不休。
郑芝龙首先开口：“陛下，如今清军势大，福建兵力薄弱，难以与之抗衡。依臣之见，不如暂时放弃福建，迁往广东，以避清军锋芒。待日后时机成熟，再图恢复。”
他的提议立即遭到了黄道周的反对：“郑侯爷此言差矣！福建乃陛下龙兴之地，百姓归心。若轻易放弃，不仅会失去民心，还会让清军长驱直入，东南半壁江山将不复存在。臣恳请陛下坚守福建，整军备战，与清军决一死战！”
张肯堂也附和道：“黄尚书所言极是。如今我军虽然兵力薄弱，但只要上下同心，军民协力，未必不能击退清军。况且，各地义军纷纷响应，只要陛下下令，他们定会率军前来支援。”
郑芝龙冷笑一声：“黄尚书、张巡抚说得倒是轻巧。清军骁勇善战，我军战斗力低下，如何与之抗衡？各地义军一盘散沙，又能起到什么作用？若坚守福建，只会是死路一条！”
“你……” 黄道周气得浑身发抖，“郑侯爷，你手握重兵，不思报国，反而一味退缩，难道你忘了自己是大明的臣子吗？”
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