史可法前往江北之后，立刻着手统筹各镇兵马。江北共有四镇兵马，分别是高杰、黄得功、刘良佐、刘泽清。这四镇总兵都是明末的军阀，拥兵自重，互相猜忌，不听朝廷调遣，是江北防御的一大隐患。
史可法首先来到了高杰的军营。高杰是个身材高大、性格暴躁的武将，原本是李自成的部下，后来投降了明朝。他的军队战斗力较强，但军纪涣散，经常骚扰百姓。见到史可法前来，高杰并不怎么热情，只是敷衍地拱了拱手，说道：史大人远道而来，辛苦了。不知史大人此次前来，有何指教？
史可法知道高杰的性格，也不跟他计较，开门见山地说道：高将军，如今清军虎视眈眈，江北乃是朝廷的屏障，必须团结一心，才能抵御清军南下。陛下任命我为督师，统筹江北各镇兵马，希望高将军能够听从我的调遣，整顿军纪，加强训练。
高杰撇了撇嘴，说道：史大人，不是我不给你面子。我手下的兄弟们，都是跟着我出生入死的，要让他们听从你的调遣，恐怕没那么容易。而且，军饷问题不解决，兄弟们也无心训练。
史可法早就料到高杰会提出军饷问题，他说道：高将军放心，军饷问题，朝廷已经在着手解决。陛下已经下旨，让户部清查土地，追缴赋税，很快就会有军饷拨下来。至于听从调遣之事，这是陛下的旨意，若高将军抗旨不遵，后果自负。
听到陛下的旨意四个字，高杰的脸色微微一变。他虽然拥兵自重，但也不敢公然抗旨。而且，他也知道，如今清军势大，单凭他一镇兵马，根本无法抵御。他沉吟了片刻，说道：既然是陛下的旨意，我自然不敢违抗。但我有一个条件，我的军队，必须由我亲自指挥，史大人只能调遣，不能干涉我的内部事务。
史可法知道，想要一下子完全掌控高杰的军队是不可能的，只能先妥协。他点了点头，说道：可以。但你必须保证，严格整顿军纪，严禁军队扰民，否则，我绝不姑息。
高杰道：这个没问题。只要军饷到位，我保证军纪严明。
安抚好高杰之后，史可法又前往黄得功的军营。黄得功是个忠心耿耿的武将，为人正直，军纪严明。见到史可法前来，他立刻亲自出营迎接，恭敬地说道：史大人前来，末将有失远迎，还请史大人恕罪。
史可法连忙扶起他，说道：黄将军不必多礼。陛下任命我为督师，统筹江北各镇兵马，希望黄将军能够一如既往地忠于朝廷，听从调遣。
黄得功道：史大人放心，末将深受皇恩，定当忠于朝廷，听从史大人的调遣。只要能够抵御清军，保卫大明，末将万死不辞！
得到了黄得功的支持，史可法心中大定。随后，他又前往刘良佐和刘泽清的军营。刘良佐和刘泽清都是贪生怕死之辈，见到史可法带着陛下的旨意前来，又有高杰和黄得功的先例，也不敢公然反抗，表面上答应了听从调遣，但暗地里却阳奉阴违，并不愿意真正地整顿军队。
虽然过程并不顺利，但史可法总算是初步统筹了江北四镇兵马。接下来，他开始制定防御计划，加固城池，训练军队，准备抵御清军南下。
而在南京，朱由崧也遇到了麻烦。高弘图组建的清查小组，在清查藩王和官绅的土地时，遭到了强烈的抵制。一些藩王和官绅，要么闭门不见，要么拖延时间，要么甚至暗中指使家丁对抗清查小组。
更让朱由崧头疼的是，马士英和阮大铖开始暗中散布谣言，说朱由崧重用东林党人，想要排挤非东林党官员，还说清查土地是为了充实自己的腰包，引起了很多官员的不满。一些原本支持朱由崧的官员，也开始动摇起来。
这一天，朱由崧正在御书房批阅奏章，王承恩急匆匆地跑了进来，说道：陛下，不好了！清查小组在清查福王的土地时，遭到了福王家丁的围攻，好几名清查官员都被打伤了！
福王？朱由崧皱了皱眉头。这里的福王，应该是指他的堂兄弟，原来的福王世子朱由崧死后，继承福王爵位的人。没想到，连自己的本家都敢公然对抗清查小组，看来这些藩王和官绅的势力，远比他想象的要强大。
朱由崧脸色一沉，说道：岂有此理！传朕旨意，立刻派锦衣卫前往福王府，将围攻清查官员的家丁全部捉拿归案，从严惩处！同时，传福王进宫，朕要亲自问问他，到底想干什么！
是！奴才遵旨！王承恩连忙应道，转身跑了出去。
没过多久，福王朱由崧就被召进了宫。他是一个身材肥胖、面色苍白的年轻人，见到朱由崧，连忙跪伏在地，说道：臣弟朱由崧，叩见陛下！不知陛下召臣弟进宫，有何吩咐？
朱由崧看着他，冷冷地说道：朱由崧，你可知罪？
福王一愣，说道：陛下，臣弟不知何罪之有？
朱由崧道：朕派清查小组清查你的土地，你竟然指使家丁围攻清查官员，打伤朝廷命官，这难道不是罪吗？你身为藩王，不思报效国家，反而对抗朝廷，你眼里还有朕，还有大明吗？
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