8月3日，荣赫鹏占领拉萨。达赖喇嘛的出走加之对西藏气候的不适应，英军不能在拉萨长驻。
荣赫鹏找到驻藏大臣有泰，并拿出已经准备好的拉萨条约草案，要他诱逼西藏代表进行谈判。
清政府革去了达赖的名号，命九世班禅曲吉尼玛（22岁）代替达赖名号，但班禅不接受，使到西藏群龙无首。
英军在拉萨大肆劫掠，抢走了许多珍贵的文物和经典，但找不到逼和对象。
9月7日，统帅英军入侵西藏的上校荣赫鹏(F.E.Younghusband)，逼迫西藏哲蚌、色拉、噶尔丹三大寺的寺长罗生戛尔曾等人在拉萨签订了《拉萨条约》，代理摄政罗桑坚赞在《拉萨条约》上盖上了达赖喇嘛的印章。
此时有泰上奏朝廷，说「达赖喇嘛兵败潜逃，声名狼藉」，请求褫革达赖喇嘛的封号，由班禅额尔德尼来拉萨掌理宗教事务。清政府於是下令「将达赖喇嘛名号暂行革去，并着班禅额尔德尼暂摄」。
有泰同时将拉萨条约的内容报告给清廷，条约公布後广泛引起公愤，俄国也对英国在西藏独家牟利提出质疑。
于是大清政府决定和英国商谈修改拉萨条约，赔款由清政府负责。
条约送北京，但清廷却坚持不在该约上签字。
大清政府派唐绍仪、张荫棠等赴印度同英方谈判，唐绍仪坚持中国对西藏的主权不容侵犯。
1905年1月，外务部右侍郎唐绍仪率参赞张荫棠、梁士诒奉命赴印加尔各答与英印政府商议修改条约事宜。
英人派外交大臣费礼夏为全权代表同中国代表谈判。
唐绍仪要求删去条约中的第九条，坚持中国对西藏拥有主权，但英人坚持只承认中国对西藏的宗主权。
当时宗主权与主权分别被译为「上国」和「主国」，唐绍仪指出「查上国二字﹐英文系『苏索伦梯』（Suzerainty，按今译宗主权），译言所管为属国，而属国自有治民之权，若自认为上国，则西藏等於韩、越、球、缅。
主国二字，英文系『骚付伦梯』（Sovereignty，按今译主权），译言臣民推为极尊，归其管辖，而各事可定者也。」
双方争执不决，于是11月12日英方提
1906年4月，英方再次恢复和中方的谈判。27日，中国代表唐绍仪与英国代表萨道义签订《中英续订藏印条约》，共六款，《拉萨条约》作为附约。
条约第二款写明「英国国家允不占并藏境及不干涉西藏一切政治，中国国家亦允不准他外国干涉藏境及其一切政治」。
这段时期西藏政局甚为紊乱。张荫棠「领副都统」衔後，由清政府指派以驻藏帮办大臣的身份进藏「查办藏事」。
张荫棠入藏後，先向中央政府弹劾有泰以及其他相关十馀名满汉官员。
再提出治藏建设十九条及西藏地方善後问题二十四款。
11月29日，清廷下令革除有泰等人的职务。
但「新政」建设未及实现，张荫棠便被调离西藏前去印度商定《藏印通商章程》。
1907年6月，中英双方谈判关於藏印通商章程事宜。谈判前，英方坚持要有权签字的西藏官员参加会议。
尽管张荫棠识破其「志与藏人直接，不欲我国干预」，「若一经承认直接交涉，西藏即成独立国性质」，但势弱之下只便增派西藏噶伦汪曲结布，携带噶厦议事签字全权文凭赴会。
1908年4月20日，中英双方签订《中英修订藏印通商章程》，共十五款。
中方代表张荫棠，英方代表韦礼敦代表各自政府在条约上签字，「西藏大吏选派嘎布伦汪曲结布为掌权之员」後「秉承张大臣训示，随同商议」。
由此可见咱们大清政府是如何治理西藏的。
大清西藏地处偏远，区域广袤，各地风俗习惯迥异，政治、宗教关系复杂，外事、民事纠纷不断。
如何治理西藏，是自元朝以来历朝中央政府极为关注的政治议题。
如今大清朝中央政府创设驻藏大臣制度，标志着治理西藏的能力达到了一个前所未有的高度。
吴壁华喝了一口水，问堂下的同学：你们有谁知道驻藏大臣是如何来的吗？
冉闵起身回答：吴老师，学生略知一二，之前有在私塾听老师讲过。
吴壁华听完就抬抬手示意冉闵说下：
驻藏大臣制度设置之前，大清朝中央政府派往西藏的官员均属专差，一般不涉足处理西藏地方更多的事务，完成中央政府交付的具体任务后即返京交差。
当时，赴藏官员既无固定的衙门机构，又未形成一系列配套典章制度，所派人员任职期限亦不定，短则几个月，长则一年。
雍正五年（1727年），西藏内部发生叛乱，藏王被杀。
清政府为安定西藏局势，决定从次年起设驻藏大臣。
起初，驻藏大臣制度并不完善，它经历了一个权力逐步提高和强化、制度不断健全和完善的过程。
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