吕宋易主后，远征军兵分多路，扑向其他主要岛屿：
中路以海军陆战队（两栖作战特种作战师改编扩充）为主！
在舰队支援下，攻占维萨亚斯群岛（米沙鄢群岛）的战略要地宿务、伊洛伊洛、塔克洛班！
当地守军薄弱，抵抗微弱，远征军进展顺利！
南路则南下棉兰老岛，这里是摩洛穆斯林聚居区，历史上就与天主教主导的中北部关系紧张，且有分离主义倾向！
远征军采取了不同的策略：一方面以武力快速击败达沃、三宝颜等城市的菲军！
另一方面，通过印尼的伊斯兰学者和马来西亚的苏丹牵线，秘密接触摩洛领导人！
承诺尊重其宗教信仰和习惯法，给予高度自治，并提供经济援助，换取其不抵抗或甚至配合驱逐“马尼拉政权势力”！
此策部分奏效，棉兰老岛的占领过程虽有一些冲突，但比预期顺利！
对克拉克空军基地和苏比克湾海军基地，远征军采取了严密围困和监视的策略！
在其周围建立禁区，切断陆上交通和淡水供应（允许有限度的海上补给，但需检查），以电子战干扰其通讯！
并始终保持强大的空中和地面部队威慑！
明确告知美军，只要不主动出击，就可安全停留，但任何挑衅将招致毁灭性打击！
驻菲美军司令部在获得华盛顿“避免全面战争”的严令下，困守基地，形同孤岛！
至 7 月 20 日，菲律宾主要岛屿、城市、交通枢纽均已处于远征军控制之下！
罗哈斯“政府”迁至远征军指定的安全地点（实际是软禁），并按照远征军政治部的要求，陆续发布了一系列“法令”！
宣布国家进入“特别管制期”！
成立由亲远征军政客、学者、军官（及少数被拉拢的地方代表）组成的“国家复兴委员会”作为过渡行政机构！
国防、外交、财政、治安等关键部门则由远征军派遣的“顾问”直接掌控！
征服的枪声渐息，但真正的挑战刚刚开始！
远征军在全菲实行分区军管，同时迅速恢复城市基本公共服务！
平价出售粮食，宣传“秩序、发展、去殖民化”的新叙事！
利用“复兴委员会”进行基层行政重建，吸纳部分非核心的原官僚体系人员！
对地主和资产阶级，采取分化策略，打击最亲美、最反动的，拉拢愿意合作的！
零散但持续的抵抗运动仍然在各地不断出现！
主要包括退入山区的胡克残部，转为更隐秘的游击战！
部分忠于前政府的军人、警察和地方势力组成的零星武装！
以及棉兰老岛部分不信任远征军的摩洛团体！
此外，城市中开始出现地下爱国学生团体和知识分子，进行反占领宣传和秘密串联！
这些抵抗目前规模不大，但如暗火潜燃！
远征军迅速接管了主要银行、矿山、大型种植园和关键企业（特别是美资企业，以“敌产”或“战时管制”名义）！
与美国、日本的贸易几乎中断！
但加速与南洋控制区其他部分（马来亚、印尼）以及通过香港与大陆（包括国统区和解放区）的走私和易货贸易！
经济困难加剧，但远征军通过从其他占领区调运物资和严格配给，勉强维持着基本稳定！
国际社会的反应强烈！其中美国的反应最为激烈！
宣布不承认菲律宾“伪政权”，冻结菲律宾在美资产！
对南洋联军控制区实施最严厉的全面贸易禁运和金融封锁！
推动联合国大会通过谴责决议（安理会仍被苏联否决）！
加速与日本媾和以将其纳入防御链条，并正式与澳大利亚、新西兰签署了《澳新美安全条约》（ANZUS）！
美第七舰队在菲律宾以东海域进行大规模演习！
并与远征军海军、空军发生多次危险的近距离对峙和电子对抗事件！
然而，直接军事干预的选项，在杜鲁门政府内部仍因欧洲形势、中国局势和国内反战情绪而无法通过！
苏联官方表态谨慎，承认“菲律宾人民的斗争复杂性”，但未明确承认远征军扶植的政权！
不过，通过第三国际渠道，秘密接触菲律宾左翼抵抗力量，试图施加一定的影响！
与远征军的实质经济、技术合作有所增加，特别是在规避西方封锁的领域！
亚洲国家反应各异，泰国、缅甸（吴盛伦政府）在压力下保持了事实承认和有限交往！
印度、锡兰（斯里兰卡）等新兴国家强烈谴责，视之为赤裸裸的侵略！
英国追随美国政策，荷兰则是余怒未消！
国民党政府强烈谴责，但自身已风雨飘摇，自顾无暇！
圣地延安方面通过新华社发表评论！
严词抨击“南洋军阀集团的扩张主义行径和对菲律宾人民的压迫”，将其与“美帝国主义”并列批判！
但同时仍保持与远征军的秘密物资通道，体现了一种务实的矛盾态度！
面对内忧外患，许愿在 7 月底召开了最高层会议，定下基调！
军事上，转入战略防御和占领区治安战！
主力部队轮换休整，加固在菲及整个南洋的防御体系，特别是防空、反舰和反潜力量！
加速兑换和消化“星际争霸系统”中涉及区域防空导弹、早期预警网络、柴电潜艇的技术！
以应对美国可能的空中威胁和海上封锁！
对菲抵抗运动，以军事清剿、政治分化、经济收买相结合，力求扑灭于萌芽！
政治上，加快“南洋联邦”的实质性整合步伐！
计划在年底前召开“南洋各邦（地区）联合会议”，制定共同宪章，建立更正式的联合机构（至少是经济、防务联盟）！
将菲律宾以“特别自治邦”形式纳入，赋予其一定的文化、宗教自治权以缓解矛盾！
对内宣传强调“亚洲人联合自强”、“摆脱西方控制”、“共建繁荣安全圈”！
经济上，不惜代价建设相对独立的军工和重工业基础，减少对外的关键依赖！
利用控制的广阔市场和资源，推行“南洋内部循环”，同时千方百计突破封锁，获取外部技术和设备！
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