荆州刺史桓伟去世，大将军桓玄让桓修代替他。从事中郎曹靖之劝桓玄说：“桓谦、桓修兄弟独自占据朝廷内外的要职，权势太重了。”桓玄于是任命南郡相桓石康为荆州刺史。桓石康是桓豁的儿子。
刘裕在永嘉打败卢循，追到晋安，多次打败他，卢循乘船向南逃走。
何无忌暗中到刘裕那里，劝刘裕在山阴起兵讨伐桓玄。刘裕和当地土豪孔靖商量，孔靖说：“山阴距离京都路途遥远，起兵难以成功；而且桓玄还没有篡位，不如等他篡位后，在京口图谋他。”刘裕听从了他的建议，孔靖是孔愉的孙子。
九月，北魏君主拓跋珪前往南平城，规划南方，将要修建新都。
侍中殷仲文、散骑常侍卞范之劝大将军桓玄早点接受禅让，暗中撰写九锡文和册命。任命桓谦为侍中、开府、录尚书事，王谧为中书监、领司徒，桓胤为中书令，加授桓修抚军大将军。桓胤是桓冲的孙子。丙子这天，册命桓玄为相国，总领百官，封给他十个郡，为楚王，加授九锡，楚国设置丞相以下的官职。
桓谦私下问彭城内史刘裕说：“楚王功勋德行盛大，朝廷的意思，都认为应当举行禅让，你认为怎么样？”刘裕说：“楚王是宣武公的儿子，功勋德行超过世人。晋朝皇室衰弱，百姓的期望早已转移，趁着运势禅让取代，有什么不可以的？”桓谦高兴地说：“你说可以就可以了。”
新野人庾仄，是殷仲堪的同党，听说桓伟死了，桓石康还没到任，就起兵在襄阳袭击雍州刺史冯该，赶跑了他。庾仄有部众七千人，设置祭坛，祭祀七庙，说要讨伐桓玄，江陵震动。桓石康到了荆州，发兵攻打襄阳，庾仄失败，逃到后秦。
高雅之上表南燕君主慕容备德，请求讨伐桓玄，说：“即使不能平定吴、会地区，也可以收复长江以北的土地。”中书侍郎韩范也上奏疏说：“现在晋朝皇室衰败混乱，长江、淮河南北地区，户口没多少，军队弱小。加上桓玄叛逆，上下离心离德。凭陛下的神威勇武，出动一万步兵骑兵进逼他们，他们一定会土崩瓦解，军队不用停留就能前进。夺取并占有那些地方，后秦、北魏都不值得对抗了。开拓疆土成就功业，正在今天。错过时机不夺取，要是他们的豪杰诛杀了桓玄，再修治德政，岂止是建康得不到，长江以北也没希望了。”慕容备德说：“我因为旧国灭亡，想要先平定中原，再扫荡荆、扬地区，所以没有向南征伐。还是让公卿们商议一下这件事吧。”于是在城西讲习武事，有步兵三十七万人，骑兵五万三千匹，战车一万七千辆。公卿们都认为桓玄刚刚得势，不能图谋，于是就停止了。
冬天十月，楚王桓玄上奏章请求回到封地，却让皇帝亲手写诏书坚决挽留他。他又谎称钱塘的临平湖开通了，江州降下了甘露，让百官聚集道贺，把这些当作自己接受天命的征兆。另外，因为前代都有隐士，他觉得自己所处的时代没有隐士是件羞耻的事，就找到西晋隐士安定人皇甫谧的第六世孙皇甫希之，供给他费用，让他隐居在山林里；接着征召皇甫希之做着作郎，又让他坚决推辞不接受，然后下诏书表彰礼遇他，称他为“高士”。当时的人都称皇甫希之为“充隐”（意思是冒充的隐士）。桓玄还想废除钱币，改用谷物、布帛交易，并且恢复肉刑，各种制度变更层出不穷，他的想法没个定准，改来改去，最终也没实行成。他本性又贪婪鄙陋，要是有人有好的书法、绘画作品以及好的宅院，他必定会通过赌博的方式把这些弄到手；他尤其喜爱珍珠宝玉，从来不离手。
乙卯这天，北魏君主拓跋珪立他的儿子拓跋嗣为齐王，加授相国之位；立拓跋绍为清河王，加授征南大将军；立拓跋熙为阳平王；立拓跋曜为河南王。
丁巳这天，北魏将军伊谓率领两万骑兵袭击高车残余部落袁纥、乌频；十一月庚午这天，把他们打得大败。
朝廷下诏让楚王桓玄使用天子的礼乐，他的妃子成为王后，世子成为太子。丁丑这天，卞范之写好了禅让的诏书，让临川王司马宝逼迫皇帝抄写。司马宝是司马曦的曾孙。庚辰这天，皇帝亲临前殿，派兼太保、领司徒王谧捧着玉玺绶带，把皇位禅让给楚国。壬午这天，皇帝搬出皇宫住在永安宫。癸未这天，把太庙的神主迁到琅邪国，穆章何皇后和琅邪王司马德文都迁居到司徒府。百官到姑孰劝桓玄登基。十二月庚寅初一，桓玄在九井山北修筑祭坛，壬辰这天，登上皇帝位。册文中有很多贬低晋朝皇室的话，有人劝他别这样，桓玄说：“禅让的文告，不过是讲给百姓听的，怎么能欺骗上天呢！”他宣布大赦，改年号为永始。把南康郡的平固县封给退位的皇帝，称平固王；把何皇后降为零陵县君；琅邪王司马德文降为石阳县公；武陵王司马遵降为彭泽县侯。追尊桓温为宣武皇帝，庙号太祖，南康公主为宣皇后，封儿子桓昺为豫章王。任命会稽内史王愉为尚书仆射，王愉的儿子相国左长史王绥为中书令。王绥是桓氏的外甥。戊戌这天，桓玄进入建康皇宫，登上皇帝宝座，可宝座突然塌陷，大臣们都吓得变了脸色。殷仲文说：“这是因为陛下的圣德太深厚，大地都承载不住了。”桓玄听了特别高兴。梁王司马珍之的属臣孔朴护送司马珍之逃到寿阳。司马珍之是司马曦的曾孙。
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