时间之河的光流突然逆向奔涌，十二星斗图在矩阵中剧烈震颤，每颗星斗的笑脸影像都被蛛网般的黑纹割裂。叶辰穿过时空裂缝的刹那，看到河心祭坛的黑气凝聚成扭曲的人形——那东西没有五官，躯干由无数熵影碎片拼接而成，每块碎片上都刻着源初文字的逆文，正是被源初文明封印的熵骸始祖。
“终于……等来了三魂归一的祭品。”始祖的声音从所有碎片同时发出，震得时间之河的光流泛起黑色涟漪。它抬手一握，叶辰胸前的玉佩阵图、夏晚星手中的双生契约之剑、冷轩持有的解印符同时发烫，三件信物竟不受控制地飞向始祖掌心，在那里组合成半块残缺的源初契约碑。
“不好！信物被污染了！”夏晚星感应到双生剑的星轨纹路正在变黑，剑身上属于她与冷轩的面容逐渐被鬼面覆盖。叶辰猛地运转混沌核心，龙渊剑爆发出龙形光焰缠住契约碑，却看到始祖碎片中渗出的黑气里，浮现出父亲被熵影吞噬的记忆画面——当年父亲并非失踪，而是被始祖打入时间之河的逆流，用熵影锁链永世囚禁。
“父亲！”叶辰目眦欲裂，龙渊剑的龙焰突然暴涨，竟将契约碑从始祖手中震落。但始祖碎片分裂成万千熵影虫，钻入十二星斗图的缝隙，矩阵顿时发出刺耳的警报声，星斗光芒次第熄灭，只剩下代表叶辰、夏晚星、冷轩的三颗星斗还在坚持。
“源初矩阵的力量源于十二契约者的羁绊，如今他们的本源被我污染，矩阵不过是块废铁。”始祖的笑声中，时间之河的光流彻底变成黑色，河面上漂浮的契约残章纷纷燃烧，露出残章背面的血色预言：“三魂归一时，熵骸破封日。”冷轩突然指着残章缺口道：“预言还没写完！最后一句被始祖抹去了！”
就在此时，沧海老门主的魂魄突然从解印符中飞出，用最后的力量撞向始祖碎片：“快……看矩阵核心！那里藏着源初文明的……”话未说完便被熵影虫吞噬。叶辰立刻望向矩阵中央，只见那里悬浮着一枚从未见过的透明玉佩，玉佩上刻着与三人武器同源的纹路，却有一道明显的裂痕。
“那是……源初矩阵的核心‘归一佩’，当年被始祖劈成三瓣，藏在你们三人的信物里！”始祖的声音带着怒意，熵影虫组成的巨掌拍向归一佩。夏晚星与冷轩同时将双生剑插入矩阵缝隙，剑身光芒注入归一佩的裂痕，叶辰则用龙渊剑引动三颗星斗的残余力量，三股光芒在玉佩中交汇，竟将裂痕修复了三分之一。
“不可能！羁绊之力竟然能修复源初圣物？”始祖的碎片剧烈颤抖，周围的时间之河开始出现时空崩塌的漩涡。叶辰趁机读取归一佩的信息：原来源初文明发现熵影的本质是“孤独的执念”，唯有以爱为契的三魂之力，才能彻底净化。而父亲当年故意将归一佩分成三份，就是为了让叶辰、夏晚星、冷轩在宿命相遇时，用羁绊之力完成最终封印。
“始祖的力量来自吞噬契约者的孤独感，我们必须让矩阵重新连接十二星斗！”夏晚星看懂了归一佩的记忆碎片。她将双生剑高举过头顶，剑身上浮现出十二逆熵使未被污染前的笑脸，冷轩立刻用解印符引动这些影像，在矩阵中形成临时通道。叶辰则抓住机会，将龙渊剑刺入归一佩，剑身龙纹与玉佩光芒共鸣，竟穿透时空裂缝，将东海幸存的逆熵使意识拉入矩阵。
“我们……愿以本源之光，重铸星斗！”十二道透明身影出现在矩阵中，他们将手按在熄灭的星斗上，自身逐渐化作光粒融入。当第十二颗星斗重新亮起时，归一佩爆发出十二色光芒，形成一道光茧将始祖包裹。但始祖在光茧中发出狞笑：“太晚了！我已在时间之河种下熵影根须，你们每修复一块矩阵，根须就会更深一分！”
光茧突然炸裂，始祖的身影变得更加凝实，它的手臂插入时间之河底部，竟拔出一块刻着“熵影本源”的黑色石碑。石碑升起的刹那，所有星斗再次熄灭，叶辰三人被震飞，归一佩重新裂成三瓣，飞回各自信物中。
“现在轮到你们尝尝……被时间遗忘的滋味了。”始祖挥动手臂，时间之河的逆流形成巨大漩涡，将三人卷入其中。叶辰在失重中看到父亲被囚禁的画面——他被锁在时间逆流的尽头，周围漂浮着无数与归一佩相似的残片，而父亲手中紧握着半块刻着“溯”字的玉佩。
“父亲！”叶辰奋力伸手，却被漩涡卷向不同方向。夏晚星与冷轩的身影在他视野中消失，双生契约之剑的光芒被逆流冲散，化作无数星点飘向时间之河的各个角落。当叶辰的意识即将被逆流吞噬时，归一佩的残片突然在他掌心发烫，映出源初预言的真正结局：“三瓣归一成溯剑，斩破逆流见真章。”
不知过了多久，叶辰在一片荒芜的时空夹缝中醒来，龙渊剑插在身边的虚空中，剑身布满裂痕。不远处，夏晚星趴在破碎的双生剑旁，冷轩则握着断裂的解印符，三人的信物都失去了光芒。而在他们前方，时间逆流形成的瀑布后，隐约可见一座被熵影笼罩的祭坛，祭坛上插着的正是父亲手中的半块“溯字佩”，以及……始祖那由熵影碎片组成的庞大身躯。
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