皇帝于是召回皇甫规，任命他为议郎，论功应当封侯。但中常侍徐璜、左悺想从他那里捞好处，多次派宾客去询问功劳情况，皇甫规始终不予回应。徐璜等人恼羞成怒，用以前的事陷害他，将他交给官吏处置。他的下属想凑钱送礼谢罪，皇甫规发誓坚决不听从。最终，他以贼寇未清的罪名，被关进廷尉监狱，判处到左校署服劳役。许多王公大臣和太学生张凤等三百多人到皇宫前为他申诉，正好赶上大赦，皇甫规才得以回家。
延熹六年（公元163年，癸卯年）
春季二月戊午日，司徒种暠去世。
三月戊戌日，皇帝大赦天下。
朝廷任命卫尉颍川人许栩为司徒。
夏季四月辛亥日，康陵的东署着火。
五月，鲜卑侵犯辽东属国。
秋季七月甲申日，平陵园寝着火。
桂阳贼人李研等进犯郡界，武陵蛮再次反叛。太守陈奉出兵将其平定。宦官向来厌恶冯绲，八月，冯绲因回师后盗贼又起，被免职。
冬季十月丙辰日，皇帝到广成苑打猎，接着前往函谷关、上林苑。光禄勋陈蕃上疏劝谏说：“天下太平的时候，打猎也应该有所节制，何况如今国家面临田野空、朝廷空、仓库空的‘三空’困境呢！再加上战事未停，百姓四处离散，这正是陛下忧心操劳、坐立不安的时候，怎么能大张旗鼓地炫耀武力，沉迷于骑马游玩的享乐之中呢！而且去年秋天雨水多，百姓才刚开始种麦，现在正是鼓励耕种的时候，却让他们去做驱赶禽兽、清理道路的劳役，这可不是贤君圣主体恤百姓的做法啊！”奏章呈上后，皇帝没有采纳。
十一月，司空刘宠被免职。十二月，朝廷任命卫尉周景为司空。周景是周荣的孙子。当时宦官势力正盛，周景和太尉杨秉上奏说：“朝廷内外的官吏，很多都不称职。按照旧制，宦官子弟不能担任要职、掌握权势。但如今他们的亲属和门客，遍布各个官署，有的年轻平庸之人，却担任郡守等重要职位，搞得上下怨声载道，百姓愁苦不堪。应该遵循旧章，罢免贪婪残暴的官员，杜绝灾祸和指责。请下令让司隶校尉、中二千石官员、城门校尉、五营校尉、北军中候，各自如实核查自己管辖的人员。应当撤职的，自行将情况上报三公府，同时检查是否有遗漏，继续上报。”皇帝听从了他们的建议。于是杨秉上奏弹劾州牧、郡守、青州刺史羊亮等五十多人，这些人有的被处死，有的被免职，天下人无不敬畏。
朝廷下诏征召皇甫规为度辽将军。当初，张奂因为是梁冀的旧部，被免官并禁止做官，所有的朋友都不敢为他说话，只有皇甫规先后七次举荐他，张奂因此被任命为武威太守。等到皇甫规担任度辽将军，到军营几个月后，他上书举荐张奂，说：“张奂才略兼备，适合担任主帅，以满足众人的期望。如果还认为我适合担任此职，希望能给我一个闲职，让我做张奂的副手。”朝廷听从了他的建议，任命张奂代替皇甫规为度辽将军，皇甫规则担任使匈奴中郎将。
西州的官吏和百姓到皇宫前为前护羌校尉段颎申冤的人很多，恰逢滇那等各羌族部落越发猖獗，凉州几乎沦陷，于是朝廷再次任命段颎为护羌校尉。
尚书朱穆痛恨宦官肆意横行，上疏说：“按照汉朝旧例，中常侍应挑选士人担任，建武年以后，才全部任用宦官。自延平年以来，宦官的地位越来越尊贵，他们佩戴貂珰的装饰，担任皇帝近臣的要职，朝廷政事都由他们一手把持。他们权势极大，无比显贵，子弟亲戚都能获得荣耀的官职。他们骄纵放肆，无人能管，使得天下穷困，百姓一无所有。我认为应该全部罢免宦官，恢复以前的制度，重新挑选天下清正淳朴、通晓国家体制的士人，来填补他们的职位，这样百姓就能蒙受圣明的教化了！”皇帝没有采纳。后来朱穆进宫觐见，又当面陈述说：“我听说汉朝旧制，设置侍中、中常侍各一人，负责处理尚书事务；黄门侍郎一人，负责传递文书奏章，这些职位都任用世家大族之人。自从和熹太后以女主身份临朝听政，不与公卿直接接触，就任用宦官为常侍，让小黄门在两宫之间传达命令。从那以后，宦官权势凌驾于君主之上，使天下陷入穷困。应该将他们全部罢免遣散，广泛选拔德高望重的老儒，让他们参与政事。”皇帝听后很生气，没有回应。朱穆伏地不起，左右侍从传旨“出去！”过了很久，朱穆才快步离开。从此，宦官多次借故假传圣旨诋毁他。朱穆向来刚正，心中郁闷不得志，没过多久，因愤怒引发毒疮而死。
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延熹五年至六年的历史，是东汉王朝衰败的加速期。从边疆平叛的反复到朝堂权力的倾轧，从士大夫的抗争到宦官的专横，多重矛盾交织碰撞，勾勒出一个病入膏肓的时代轮廓，其中的治理失序与人性挣扎尤为触目惊心：
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