不仅如此，董卓还对何苗的尸体进行了惨无人道的报复。他派人挖出何苗的棺材，将尸体拖出，残忍地肢解后扔在路边。何苗的母亲舞阳君也未能幸免，被董卓派人抓起来杀害，尸体被随意丢弃在苑中的枳落里，无人敢去收敛。
还有一回，董卓派遣军队到阳城。当时正值二月社日，百姓们都在社下举行祭祀活动。董卓的军队一到，就将所有男子的头全部砍下来，然后驾着他们的车牛，抢走妇女和财物。士兵们把砍下的头颅系在车辕轴上，一辆辆车接连不断地返回洛阳，还谎称是攻打贼寇大获全胜，一路上高呼万岁。进城后，他们将那些头颅焚烧，把抢来的妇女赏给士兵们做婢妾，甚至还做出奸淫宫中宫女和公主的恶行。董卓的种种暴行，实在是令人发指。
起初，董卓对尚书周毖、城门校尉伍琼等人极为信任，听从他们的举荐，让韩馥、刘岱、孔伷、张咨、张邈等人分别出任各州郡的长官。董卓本以为这些人会对自己感恩戴德，成为他在地方上的助力，却没想到，韩馥等人到任之后，竟然联合起来，集结兵力，准备一同讨伐他。
董卓得知这个消息后，暴跳如雷，他认定是周毖、伍琼等人与这些人串通一气，背叛了自己。盛怒之下，他下令将周毖、伍琼全部斩杀。
其实，这其中还有些不为人知的故事。周毖，字仲远，是武威人；伍琼，字德瑜，汝南人。说起伍琼，还有另外一种说法。在谢承所着的《后汉书》中，记载着一个叫伍孚的人，他年少时就有着高尚的气节。伍孚曾担任郡里的门下书佐，当时他家乡的邑长犯了罪，太守让伍孚去传达命令，让督邮将邑长收押。伍孚却伏地劝谏道：“即使君主不遵守为君之道，臣子也不能不恪守为臣之礼。大人怎能让我去传达命令，抓捕自己家乡的邑长呢？恳请大人换其他人去。”太守觉得他很有骨气，便听从了他的请求。后来，大将军何进征召伍孚为东曹属，他逐渐升迁，担任了侍中、河南尹、越骑校尉等职。董卓祸乱朝政时，满朝文武都惊恐万分。伍孚身穿小铠，在朝服里藏着佩刀去见董卓，打算找机会刺杀他。谈话结束后，董卓送他到阁中，伍孚趁机拔刀刺向董卓。可惜董卓力气很大，向后一闪，伍孚没能刺中，反而被董卓抓住。董卓怒喝：“你竟敢谋反？”伍孚大声骂道：“你不是我的君主，我也不是你的臣子，谈何谋反？你祸乱国家，篡夺君位，罪恶滔天。今日就是我的死期，但我就是来诛杀你这个奸贼的，只恨不能将你在街市上车裂，以谢天下！”最终，伍孚被董卓杀害。至于伍孚到底是伍琼的别名，还是另有其人，就不得而知了。
与此同时，河内太守王匡也对董卓的恶行忍无可忍，他派遣泰山兵屯驻在河阳津，准备起兵讨伐董卓。董卓得知消息后，心生一计。他先派出疑兵，装作要从平阴渡黄河的样子，吸引王匡军队的注意力，暗中却派遣精锐部队从小平津北岸渡河，绕到王匡军队的后方发动突然袭击。王匡的军队毫无防备，在津北被打得大败，士兵死伤殆尽。
接连的变故让董卓意识到，山东的豪杰们纷纷起兵反对他，这让他整日惶恐不安。于是，在初平元年二月，董卓做出了一个大胆的决定——迁都长安。他召集公卿大臣们商议此事，司徒杨彪第一个站出来反对：“从前盘庚五次迁都，殷地的百姓都满心怨恨，盘庚为此作了三篇文章来开导天下百姓。如今海内还算安稳，无缘无故迁都，恐怕会惊扰百姓，让他们像沸腾的蚂蚁一样聚集起来闹事。”董卓却不以为然，反驳道：“关中土地肥沃富饶，当年秦国就是凭借这里的优势吞并了六国。现在迁都西京，要是关东的豪强敢有所动作，我就用强大的兵力去逼迫他们，让他们死无葬身之地！”杨彪依旧坚持：“让天下动荡很容易，可想要安定下来却难如登天。而且长安的宫室早已破败不堪，短期内根本无法修复。”董卓不耐烦地说：“汉武帝时在杜陵南山下有几千处瓦窑，我们再从凉州运来木材，建造宫室并非难事。”见杨彪还是不同意，董卓脸色一沉，威胁道：“你是想阻挠我的计划吗？边章、韩约来信，都要求朝廷必须迁都。要是他们的大军东下，我可就救不了你了，你大可以和袁绍他们一起西行！”杨彪毫不畏惧，回应道：“我本就来自西方，只是担心天下局势罢了！”
这场商议不欢而散，董卓怀恨在心，他命令司隶校尉宣璠以灾异为由弹劾杨彪，随后便罢免了杨彪的官职。
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