元素暴动的余波逐渐平息，宇宙中却泛起了诡异的灵魂波动。莱娅所在的灵羽族圣地，所有族人的羽毛都泛起幽蓝荧光，沉睡的先祖灵魂竟突破轮回界限，以虚影形态在族中徘徊，口中念念有词：“灵魂囚笼已破，众生皆将溺亡……”阿雷克斯的量子监测网络捕捉到异常能量，全宇宙生命体的灵魂频率开始共振，无数亡灵从冥界裂隙中涌出，所过之处，生者的意识逐渐模糊，身体变得透明。
苏尘与洛瑶首当其冲受到影响。苏尘的混沌之力中开始掺杂着亡者的悲鸣，每次施展都召唤出狰狞的灵魂残影；洛瑶的星光之力则被染上血色，治愈的光芒反而加速了灵魂的离体。两人的意识被拽入一片暗紫色的灵魂海洋，海浪中漂浮着无数破碎的记忆残片，深处传来的呜咽声逐渐凝聚成实体——那是一个由千万张痛苦面孔组成的巨型漩涡，自称“噬魂之主”。
银河守望者联盟的舰队在巡查灵魂裂隙时遭遇灭顶之灾。船员们的神经接驳系统突然涌入海量陌生记忆，有人被远古战争的恐惧吞噬，有人被祖先的执念操控，纷纷跳出战舰，化作灵魂潮汐中的一员。薇尔莉特带领的精英小队装备了“灵魂锚定器”，试图稳定自身意识，却发现锚定器反而吸引来更多噬魂怪物，这些怪物形如半透明的巨口，专以生者的灵魂为食。
莱娅发动灵羽族禁术“魂河溯源”，以燃烧百年寿元为代价，揭开了灵魂潮汐的真相。在宇宙诞生之初，十二工匠为维持生死平衡，创造了“轮回之轮”，将所有灵魂纳入循环体系。但随着宇宙危机频发，轮回之轮的核心“命魂石”被来自冥界深渊的“蚀魂者”侵蚀。蚀魂者是所有文明对死亡恐惧的具象化产物，它妄图打破轮回，让全宇宙陷入“无生无死”的永恒灵魂炼狱。
阿雷克斯带领科研团队启动“灵魂防火墙”计划，在各星域建造“镇魂塔”，试图用科技手段隔离异常灵魂波动；灵羽族祭司们发动“万灵渡魂”仪式，以全族之力编织守护结界。然而，蚀魂者不断扭曲灵魂规则，镇魂塔沦为灵魂怪物的孵化场，渡魂仪式的光芒也被染成诡异的紫色，反而吸引来更多亡灵。
苏尘与洛瑶在灵魂海洋中艰难前行，每击退一波噬魂怪物，就会被拖入更深的记忆漩涡。他们目睹了文明兴衰的血腥战场、亲人诀别的悲痛瞬间，甚至看到自己成为灵魂潮汐的帮凶。噬魂之主在漩涡中心蛊惑道：“死亡是解脱，轮回是枷锁，与我一同终结这虚假的生死吧！”
千钧一发之际，全宇宙文明将对生命的眷恋与对希望的信仰注入两人体内。苏尘与洛瑶将混沌之力、星光之力与众生执念融合，凝成能斩断灵魂枷锁的“生命之镰”。镰刀划过噬魂之主的刹那，灵魂海洋开始退潮，被侵蚀的命魂石重新焕发光芒。
战后，创生之树生长出“轮回根系”，扎根冥界与现世之间，自动修复轮回裂隙。苏尘与洛瑶的力量化作守护生死界限的灯塔，每当灵魂危机降临，他们的光芒就会驱散黑暗。但在冥界最深处，蚀魂者的残念仍在聚集，等待着再次掀起毁灭的灵魂潮汐……
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