吕光攻破龟兹后，将鸠摩罗什掳至凉州（今武威），途中苻坚在淝水之战败亡，吕光遂割据凉州自立为后凉太祖，鸠摩罗什成为其“战利品”。??时为公元396年，是东晋太元二十一年。
晋安帝即位，朝廷下诏内外事务皆要咨询司马道子，行辅政之责。因为孝武帝突然死亡，故此未及写下遗诏，安置朝中王珣和王雅都没有实权，故司马道子掌握权力，并且宠信王国宝及王绪，让他们参与朝权。
青兖二州刺史王恭一直厌恶王国宝弄权，常直言斥责，令司马道子既怨惮亦忿恨他。隆安元年（397年），王恭不能再忍受王国宝弄权，于是联结殷仲堪起兵讨伐王国宝。司马道子畏惧王恭，但求了事，于是将罪责推向王国宝，并命谯王司马尚之收捕王国宝到廷尉，及后赐死王国宝并处死王绪，又遣使向王恭道歉。王恭于是撤回京口。
司马道子此后忌惮王恭和殷仲堪以军事相逼，于是以司马尚之与司马休之有才略而引其为腹心，又听从司马尚之所说树立外藩，于是出司马王愉为江州刺史。不过，此举招来豫州刺史庾楷不满，因为司马道子割原本由他都督的豫州四郡交给了王愉都督。庾楷上表抗议不果后就鼓动王恭讨伐司马尚之，王恭终在隆安元年（398年）与庾楷及殷仲堪、桓玄举兵讨伐王愉及司马尚之兄弟。司马道子曾试图劝止庾楷，但遭庾楷拒绝。司马道子面对王恭诸军举兵，不知所措，会稽王世子司马元显则力主讨伐王恭，朝廷加司马道子黄钺，以司马元显为征讨都督，统王珣、谢琰等人抵抗。司马道子将军事都委托给司马元显，自己则终日饮酒。及后司马尚之大败给桓玄，进至石头城，司马道子守中堂以备桓玄进攻，但期间却发生小插曲，有一匹马在军中乱走，士兵扰乱不安，竟令不少士兵掉进长江江水中溺死。
司马元显及后成功策反王恭手下北府军将领刘牢之，王恭兵败被处死，但殷仲堪、杨佺期和桓玄等军仍在建康附近的蔡洲。左卫将军桓修此时向司马道子进言，建议司马道子以利益诱使桓玄和杨佺期二人，令二人反抗殷仲堪。司马道子于是分别让桓玄任江州刺史及雍州刺史，并以桓修为荆州刺史，又贬殷仲堪为广州刺史。不过，此举未能瓦解殷仲堪军团，反令三人移镇寻阳，联合抗拒朝命，对抗朝廷。最终司马道子唯有以朝廷之名下诏慰问殷仲堪等人请求和解，又让殷仲堪复任荆州刺史，危机才得以解决。
397年，东晋隆安元年，中国处于东晋十六国时期。北魏皇始二年，后燕永康二年，北方多个政权并存并发生重大变动。
北魏拓跋珪率军攻陷后燕都城中山，慕容详、慕容麟先后自立为帝，十月北魏军破城，后燕灭亡。同年河西地区出现政权更迭：后凉将领沮渠蒙逊反叛，拥立段业建立北凉政权；鲜卑贵族秃发乌孤在廉川堡自称西平王，建立南凉政权，并击败后凉军队。东晋发生王恭联合殷仲堪的军事叛乱。
北魏通过攻占中山及周边战役，控制今山西、河北全境，奠定华北统一基础。后燕残余势力慕容德南迁建立南燕政权，慕容宝逃亡龙城引发后续内乱。河西地区政治格局因南凉、北凉崛起发生重大变动。
（公元397年），鲜卑秃发部首领秃发乌孤起兵反叛，自称大都督、大将军、大单于、西平王（后又改称武威王），在后凉南部的廉川（治今青海民和）建立政权，史称南凉。
时吕光年老，常听信谗言，不辨忠奸。后凉尚书沮渠罗仇曾随从后凉主吕光进攻西秦，吕光弟吕延因贸然追击兵败被杀。四月，吕光听信谗言，以败军之罪冤杀沮渠罗仇及其弟三河太守沮渠麹粥。沮渠部众万余人为沮渠罗仇发丧时，罗仇之侄沮渠蒙逊痛斥吕光昏庸无道，滥杀无辜，表示要向后凉兴兵雪恨。蒙逊随即召集部众，起兵反凉，迅速攻克临松郡，十日之内，聚军万人屯据金山。
五月，吕光遣太原公吕纂率军进讨沮渠蒙逊于忽谷，沮渠蒙逊兵败，逃入山中。沮渠蒙逊从兄沮渠男成响应蒙逊，起兵数千于乐涫。后凉酒泉太守垒澄率步骑万人攻讨沮渠男成，垒澄战败被杀。沮渠男成顺势进攻建康，遣人说服建康太守段业反后凉，并推举其为大都督、龙骧大将军、凉州牧、建康公，建元神玺。以沮渠男成为辅国将军，委以军国之任。沮渠蒙逊率众投奔段业，被任镇西将军。吕光命吕纂转兵进讨段业，不克。沮渠蒙逊乘机进攻临洮，支援段业，与吕纂战于合离，吕纂军大败。
东晋隆安二年（公元398年），燕范阳王慕容德带着数万百姓从邺城东逃，进入山东，打败了各种反对势力，在广固称帝，国号仍为燕，史称南燕。南燕的地盘不大，差不多相当于今日山东的大部，但军事实力还算强大。
后来慕容德打算南下攻晋的时候，可以征集三十七万步兵，一万七千乘战车、五万铁骑，这样的家底不算薄，这也是慕容德割据的本钱。
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