天启6年3月，袁崇焕升任兵部右侍郎兼辽东巡抚。袁崇焕逐渐骄横与满桂不和，满桂被调回朝。经略王之臣奏书请求留住满桂，袁崇焕又因此与王之臣闹不和。朝廷担心影响大事，于是将两人分开，王之臣督关内，袁崇焕守关外。
天启6年8月，68岁的努尔哈赤病逝。史学界有很多人认为努尔哈赤是被袁崇焕的红夷大炮所伤，医治无效而死，但却没有具体的依据。
天启7年5月，皇太极亲率八旗军包围锦州，进攻宁远。无法攻克，伤亡惨重，被迫撤军，史称宁锦大捷。
宁锦之战后，满桂、赵率教等人得到了应有的赏赐，但袁崇焕被魏忠贤打压，只增加一级官阶，袁崇焕辞官回乡。
王之臣接替袁崇焕为督师兼任辽东巡抚，驻扎宁远。
朱由检即位后，袁崇焕得以重新被启用，被任命为兵部尚书兼任右副都御史，督师蓟辽、兼督登莱、天津军务。
崇祯元年（1628年）7月，崇祯与袁崇焕平台召对，袁崇焕宣称五年平辽。
崇祯2年6月，袁崇焕擅自将毛文龙斩杀。
崇祯2年10月，己巳之变皇太极兵临京城。
京师解围后，王永光、高捷、袁弘勋、史褷以擅杀毛文龙、私通女真等罪名弹劾袁崇焕，皇太极又趁机实施反间计，袁崇焕被革职下狱。
崇祯3年8月，袁崇焕被凌迟处死，家人流放，并抄没家产，实则家无余财。
关于袁崇焕的历史评价，有人说他是忠臣名将，有人说他是反贼汉奸。
擅杀毛文龙是袁崇焕一生中最错误的一个决定，就算毛文龙真的有罪，也应该上报皇帝处理，而不是先斩后奏。
袁崇焕擅杀毛文龙，于私，直接导致崇祯皇帝对他开始不信任，为自己的悲惨结局埋下伏笔。于公，没有了毛文龙在八旗后方牵制，使得八旗无后顾之忧，敢于从蒙古借道，长途奔袭打进关内。导致大明内忧外患，形势进一步恶化。
与女真议和以及与蒙古交易被认为是私通女真，是因为皇太极的反间计和党争的攻讦。这个罪名主要是因为袁崇焕的政治素养不足以支撑他的权位，应对能力有限导致。
袁崇焕不可能通敌卖国，如果袁崇焕是卖国贼和汉奸，以他的权位，可以干出出卖皇帝、出卖大明的惊天大事。
崇祯在不对的时间，用极其残忍的方式杀了袁崇焕，让一大批有能力的文臣武将寒心，开始与崇祯离心离德。
袁崇焕虽死，但其苦练的关宁铁骑犹在。关宁铁骑拥有强悍的机动能力，是明末最精锐的部队，战力高于女真六旗，能与女真八旗中护军正面交锋。
关宁铁骑中，祖大寿是辽东地区除了鳌拜外最能打的将领，吴襄的儿子、祖大寿的外甥吴三桂与马科都是关宁军的头等勇将。
因为关宁铁骑，祖大寿的地位迅速上升，祖氏满门都获封官职。祖大寿的兄弟祖大乐、祖大成、祖大弼，子侄祖泽远、祖泽沛、祖泽盛、祖泽法、祖泽润、祖可法等，都是上自总兵、下至副将、参将、游击的军官，分驻宁远、大凌河、锦州诸城。以祖大寿、吴襄为首的辽东军阀逐渐形成。
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