第三进殿为大雄宝殿，慈笃禅师建造，丈伯和尚重建。大雄宝殿高10.56米，单檐歇山顶。殿中建有高大的玻璃翕，供奉铜铸的释迦牟尼佛坐像一尊；左右侍立为铜铸的迦叶、阿难尊者像，均为清道光九年（1829年）铸造。
第四进殿为说法堂，又名“药师殿”，重檐歇山式建筑相传是古信相寺的遗址。堂中有砖砌的戒坛，正中墙壁间镶嵌有康熙手书“空林”二字；堂中央宝盖下方供有药师佛一尊，左右供有药叉大将十二尊。
第五进殿为宸经楼，慈笃禅师创建，清道光四年（1824年）本圆和尚重建。藏经楼分两层，高15.84米，是寺院收藏经藏及重要文物的地方。
第六进殿为文殊阁，位于文殊院内中轴线最后，占地1000平方米，由第一层“空林讲堂”、第二层空林佛教图书馆及第三层万佛殿构成。
毅毅说，文殊院较为出名的文物遗存是“空林二圣”和“空林八观”。宸经楼除了清康熙皇帝御赐文殊院的“空林”墨迹，以及康熙临宋代书法家米芾的《海月》条幅外，还珍藏着宋代墨龙、明清时期破山、丈雪的书法、碧眼、竹禅的绘画以及书法家何绍基、郑板桥、张大千、丰子恺等人的书画作品。
毅毅说，“空林二圣”——即佛陀舍利和玄奘法师顶骨舍利。佛舍利是佛教中最为珍贵的圣物，文殊院宸经楼内就供奉有一粒佛骨舍利，为20世纪20年代，蜀中大德能海上师朝礼印度菩提伽耶时，重庆酉阳籍僧人佛金法师在菩提伽耶经管香火，佛金法师将其供养的佛骨舍利请能海上师带回文殊院供奉。
毅毅说，玄奘法师顶骨舍利，寺内宸经楼左侧供奉有玄奘法师顶骨舍利，系20世纪40年代在南京报恩寺发现，因成都是玄奘法师出家后受戒之地，同时玄奘法师还在此生活过五年。由此殊胜因缘，从南京请回顶骨舍利一份供奉。玄奘法师以其不畏艰险、西行取经、不畏世困、全心阐教的精神，为后人称颂。
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