在之前的财政制度中，地方的财权重而朝廷的财权轻，直接由朝廷所掌握的财源少，地方的起运钱粮对于朝廷的财政来说是极为重要的，不管是东南的漕粮，还是南直、浙江的折色赋税等，对于朝廷来说都是极为重要的，所以在这种情况下，朝廷对于地方督抚的态度也是很矛盾的。
一方面朝廷是需要地方督抚的，同时也支持地方督抚扩大权力，有效的进行催征，将赋税收齐并且转运到朝廷来，在这个问题上，朝廷是需要地方督抚的配合的。
但是另一方面，地方督抚在财政权过大，对于朝廷也是一种威胁，因为当时的地方督抚不仅仅在财政上有很大的权力，在军事上也有很大的权力，有了钱粮还有兵权，这对于朝廷来说确实是极大的威胁，所以朝廷必须对于地方督抚加以制衡。
而朝廷的办法就是用巡按御史来制衡这些地方督抚，但是现在似乎是不用这么干了，就财政权力来说，现在朝廷的财权远远大于地方财政权力，对于朝廷来说，赋税收入的结构已经发生了非常重大的变化。
以现在大明朝廷的财政收入来说，实物赋税在朝廷收入的比重已经很低了，户部其实一直要求全面折色，以方便朝廷的赋税征收，但是朱载坖和司农院是坚决不同意的。
因为对于朝廷来说，实物赋税主要是用于充实各地的仓储，保障朝廷的备荒和备战能力的，所以朱载坖在田赋上从未改变过实物征收，从来都是要求本色征收的，而且通过司农院收储的形式保证粮食最低价格，防止出现谷贱伤农的情况。
而在现在的朝廷收入结构中，货币收入是主流，而其中的大头是关税和工商赋税，这两样都是全数属于朝廷的，盐税等虽然也有很大的提升，但是已经在财政收入中不占大头了，而且盐税地方化的情况是比较明显的，朝廷也有意将盐税分配给各布政使司，以加强地方的财政实力。
就现在大明的财政情况来说，重要的财源都牢牢掌握在朝廷手中，在财政上地方已经不如朝廷了，在这种情况下，不是朝廷需要地方督抚催征赋税解送朝廷，而是大部分的地方督抚都需要朝廷给予财政支持才能够在地方进行各种项目的推动，这种改变就使得朝廷在朝廷上对于地方构成了很大的优势。
改变了之前朝廷和地方的关系，现在不是朝廷逼迫地方催征赋税然后解运朝廷了，而是地方督抚要向朝廷请求拨款了，因为朝廷的拨款直接影响到地方各项工程的开展，而这些基础设施的开展，也势必影响地方官员的考成，所以在这种情况之下，朝廷的地方关系其实已经出现了变化。
朱载坖对太子、太孙说道：“事有变易，则当因势利导，如今日，兵、财皆在朝廷之手，而督抚系地方治乱之要，如无权柄，何以行政？”
朱载坖的看法是现在必须要限制巡按御史的权力，将巡按御史重新回归到监察官员的本职上来，不允许巡按御史干预地方行政，保障督抚和地方官员的权力，这点是极为重要的。
同时在督抚之间搞制衡，督抚看似是上下级关系，但是实际上总督虽然有权节制巡抚，但是巡抚并非总督的下级。
督抚关系首先表现的是最密切的同僚关系。二者共同对辖区负责，常常一荣俱荣、一辱俱辱。通常情况下，巡抚辖一省、一镇之地，而总督统辖数巡抚之地。在职权方面，总督偏重于军事，巡抚侧重于民政。但随着巡抚加有赞理或提督军务衔，其开始掌握军事权，与地方总督共同负责一地军务。
按照朝廷的定例，总督负责军事统筹指挥，巡抚负责粮饷、修城等军事活动的具体执行。由此可知，地方总督与巡抚在军事领域有着密切联系。地方总督具有军事统筹调度权，因而能够在军事方面调度指挥巡抚，即所谓的节制。
但是在朝廷给总督的敕书中，就可以发现其中的端倪，朝廷在赋予总督节制下去文武官员权力之时，无一不首先强调该地现在军事形势之严峻，然后再赋予总督权力。这种表达逻辑旨在告诉总督们，朝廷之所以命其总督军务并赋予节制权力，是出于解决该地现在严峻的军事问题的需要。
军事形势的需要和总督节制权的赋予构成前因和后果，表明皇帝仅就军事方面授予总督节制巡抚的权力。所以，地方总督除在战事上节制调度巡抚外，其他事务一般不干涉巡抚，二者就是共同辖区内的同僚。他们在共同区域行政，共同对辖境军民负责。
总督并没有实际领导巡抚的权力，在之前的抗倭之战中，这事就暴露无疑了，胡宗宪为此就曾经上疏抱怨过：“臣受命总督，得节省三省。一切调度兵食，皆赖各处巡抚协心共济。而近多游食养望，未有实见讲求者，即有疏虞，臣何以自解？夫各边巡抚之与总督相见，原有定规，今俱抗衡，无逊诎意。至于操江都御史，则虽文移亦不复通。臣徒拥总督虚位，而无其实。”
各省巡抚对于总督不听节制的情况是时有发生的，尤其是在非军事层面，很多总督都为此向朝廷抱怨，认为总督“虚悬节制之命，轻重不得，易成凿枘”，巡抚不听总督节制的情况时有发生。即使在军事方面，总督的节制权也难以完全发挥。
朱载坖认为，督抚之间要形成制衡和分权，才能够保证朝廷在地方的行政体系的稳定，巡抚专司行政，而总督侧重于军务，在军务上，巡抚必须无条件的服从总督，但是总督也不能干涉巡抚的行政权力，这样才能够形成大小相制，内外相维的局面，而巡按御史的作用这些穿插其中，进行监察，同时成为朝廷的耳目风宪，与厂卫等共同构成朝廷对于地方的监视体系。
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