不久后，孙恩战败身死。
但同一年，桓玄自江陵起兵攻入建康，杀司马道子、司马元显，自封丞相、太尉，成为东晋的实际统治者。
还是同一年，桓玄自号楚王、大将军，且在公元404年篡位称帝，改国号为楚，降司马德宗为平固王，将他迁到浔阳。
同年3月24日，刘裕起兵攻打桓玄，桓玄大败，挟持司马德宗逃到江陵。
6月19日，桓玄被杀，司马德宗复位，6月26日，桓玄手下将军桓振再次攻陷江陵，司马德宗又当了俘虏。
直到公元405年3月2日，司马德宗终于脱离叛军的魔爪。
桓玄的叛变彻底摧毁了东晋皇权，刘裕一跃成为东晋朝廷新一任话事人，为刘宋的建立奠定了基础。
公元409年，猛人刘裕开始率军北伐，逮着南燕一顿暴揍，最后，于公元410年俘虏南燕皇帝慕容超，灭南燕，收复山东等地。
同一时间，东晋广州刺史卢循造反，趁着刘裕北伐的时机进兵建康，直到刘裕班师才解决了这一危机。
公元412年，刘裕凭借北伐大胜之威，在朝中独掌大权，不断打击政敌，侵蚀各地权力。
公元415年，荆州刺史司马休之、雍州刺史鲁宗之以讨伐刘裕为名举兵，结果显而易见，俩人加一起也不够刘裕一顿捶的。
公元417年，刘裕再次率军北伐，这次更猛，直接攻入长安，收复了丢失近百年的古都。
可惜，关键时刻，他的左膀右臂刘穆之去世，朝中局势隐隐有失控的迹象，没办法，刘裕只能班师，留倒霉儿子刘义真和几员大将镇守长安。
公元418年，从前线匆忙赶回的刘裕因为痛失大贤，再没了慢慢夺权的耐心，直接开启狂暴模式，逼迫皇帝封他为相国、宋公，不久又加封宋王。
公元419年1月28日，司马德宗被刘裕派去的王韶之勒死于东堂，终年37岁，葬于休平陵。
司马德宗死后，刘裕拥立其弟司马德文继位，是为晋恭帝，为东晋第十一任皇帝，也是最后一任。
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