离开灵魂摆渡的世界后，王汉回到秦时明月的世界安排下今后的事情，便拿着天地之书寻了一个灵气充裕，时间流速快的时间进行闭关，领悟天地之书中的天地生死法则和命运法则。
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时间匆匆流逝，转眼间时间便过去了五千年。五千年的时间，黑暗王朝对奥特曼宇宙的进攻依旧还在继续，但是却已经接近尾声。
五千年来，由黑暗王朝发起的战争波及了整个奥特曼宇宙世界，黑暗王朝的亡灵部队不断的输送进奥特曼世界，又不断的训练出新的亡灵军团，生产新的战舰，组建出一支支新的亡灵舰队，不断增加着黑暗王朝在奥特曼世界的侵略力量。
面对黑暗王朝的侵略，奥特曼世界那些不愿被黑暗王朝统治和支配的宇宙种族们也联合组成了大大小小的反抗联盟，如同雨后春笋一般不断冒出，反抗着黑暗王朝的侵略。五千年来，这样的联盟一个个的形成，少则两三个文明，多则几十上百个，甚至数千个文明组成，但是他们的结果就是一个个的被黑暗王朝消灭，不留下任何反抗的活口。
这场战争，一打就是五千年，越来越激烈，死亡越来越多，并且还在继续，整个奥特曼宇宙也被打得乌烟瘴气。
战争遗留下的各种宇宙种族的尸体和亡灵的骸骨，巨大怪兽的残肢在宇宙的虚空之中随处可见，各种宇宙战舰的残骸和被炸毁的星球的碎片成为了宇宙中新的垃圾。
有反抗者，也就有屈服者，面对黑暗王朝的强大力量，面对亡族灭种的下场，更多的宇宙种族选择了屈服，接受黑暗王朝的奴役。还有投机者，在黑暗王朝的强大力量下，选择了投靠，挂上了附庸于黑暗王朝的旗帜，共同侵略其他种族，以此来为自己争取种族存活并且变得更强大的机会。
但是如今，战争已经要接近尾声了，三百年前，一个由七千个文明组成的最大的反抗联盟因为内部接连出现叛变种族，终于被黑暗王朝的亡灵部队抓住了机会，集结了数千个大型的亡灵舰队（大型舰队，战舰数量达到一万艘战舰。），以绝对的优势围剿消灭了这个联盟的主力，并且围点打援，重创甚至消灭了不少前来救援的反抗联盟势力，清剿了大量的反抗文明，之后反抗的势头便弱了许多。
宇宙的边缘，某个未知的角落之中，黑暗王朝一个千膄战舰组成的中型舰队正在和一个小型的反抗联盟激烈的交战着，值得一提的是这个小型反抗联盟的宇宙战舰科技居然快赶上黑暗王朝亡灵部队的战舰程度了，更是有不少的宇宙怪兽，其中甚至还有两个侥幸活下来的奥特曼，不过这些奥特曼在光之国毁灭后的五千年里，早已黑化。
激光和脉冲，以及导弹不断的在宇宙中飞过，大小不同的宇宙飞船和战机在宇宙战舰之间相互追逐，爆炸接连不断的在宇宙中闪耀，随着这个反抗联盟的最后一艘宇宙飞船被击毁，这里的宇宙大战终于落下帷幕。
黑暗王朝以几乎损毁了一半战舰的代价，终于消灭了这个小型的反抗联盟。
战斗结束后，舰队并没有停歇，马上便继续向这个小型联盟的总部赶去。在那里，有着他们这场作战任务的最终目标，也是奥特曼世界数个大型联盟的阴谋所在，时空穿梭机。
如今战争态势已经极度明显，反抗势力越来越少，不是被消灭，便是选择了投降，成为奴隶来获取种族存活下去的机会。
各大联盟也都预见到了黑暗王朝的胜利已经势不可挡，黑暗将彻底充斥宇宙之中。
背负了五千年的血海深仇不允许他们投降，反抗了数千年，以黑暗王朝战争中的作风，也不会真正的接受他们的投降，投降，他们只会成为奴隶，永远的奴隶。就在这个绝望的时候，却有人提出来研究时空穿梭，回到过去，就将改变未来的计划，他们最后只能寄希望于这个计划，希望有人能够回到过去，在光之国被毁灭之前，联合所有的种族组成联盟对抗黑暗王朝，为了掩盖消息，不让黑暗王朝得到消息，破坏这个计划，他们秘密创建了一个毫不起眼的小型反抗联盟来做为掩护。这个小型反抗联盟的总部便是他们研究时空机器的地方。
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在未知名的某颗星球上，坐落着研究时空机器的小型反抗联盟的总部。
“大地将军，我们的主力舰队已经被黑暗王朝的一个中型舰队消灭了。”小型联盟的总部中，一名蛙型外星人对前面的黑暗奥特曼汇报道：“现在那支黑暗王朝的舰队距离我们总部只有不到两百光年，以他们的战舰速度，预计还有十分钟就会到达这里。”
“救援什么时候到达？”黑暗奥特曼，大地将军问道。
“救援……”闻言，蛙型外星人惆怅的说道：“大地将军，救援的舰队距离我们还有三千光年，预计要两天才能抵达。”
“还要两天啊……”闻言，大地将军苦涩的叹息一声，两天时间实在是太长了，他不知道他们剩下的军队还能不能挡住黑暗王朝的中型舰队两天的攻击，虽然是一个损失过半的黑暗王朝的中型舰队，但是他们的主力已经被消灭了，剩下的残余兵力也许只能挡住一天，也许连一天都挡不住。而更让他担心的是，黑暗王朝会不会已经知道了他们的计划。根本不会给他们机会。
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