在帝国陆军第1集团军正隔着筑后川同日军进行激烈炮战的时候，帝国海军和海军陆战队，正在联手策划攻陷日本海军的重要基地——佐世保海军基地的计划。
佐世保海军基地自1883年时，第二丁卯舰舰长东乡平八郎入港勘测后，便逐渐被视为一座重要的军港，从原本江户时代的小渔村发展成日本帝国海军的作战基地及造船设施。1889年时在此设置了“佐世保镇守府”，使佐世保成为西日本的防御重心、以及对亚洲大陆的出兵据地。1905年的对马海峡战役中，已成为大将的东乡指挥联合舰队从本港出动，并击败了俄罗斯帝国的波罗的海舰队。
在和中华帝国对抗期间，佐世保海军基地也是日本海军联合舰队的常驻港口。特别是中华帝国帮助琉球王国重建，使得那霸港成为了中华帝国海军太平洋舰队的母港之后，日本面临的威胁更大，这使得日本海军大半的战舰，都部署在了佐世保海军基地，为的就是能够和中国海军对抗，在战争爆发的第一时间就能够出港和中国海军作战。
另外，从佐世保海军基地出发，能够直接进入东海，或者北上通过朝鲜海峡进入鲸海。威胁中华帝国的沿海地区或者海上运输线，十分的便利。
在这一次同中国海军的决战之中，日本海军联合舰队的主力，也是从佐世保海军基地出发的。虽然，日本海军的主力已经几近被中国海军歼灭。但是，在佐世保军港内，日本海军还部署了几艘轻巡洋舰和十多艘驱逐舰的。如果这些轻巡洋舰和驱逐舰不顾一切冲出军港，杀入帝国沿海的话。对帝国的海上运输线也会造成严重的威胁的。另外，佐世保军港的存在，也牵制了帝国海军不少的力量。如果能够一举将佐世保海军基地给摧毁的话。那么，帝国海军就可以将这些战舰都抽调出来。用于封锁日本了。
进攻佐世保的计划，主要是由帝国海军和海军陆战队第3师来完成的。海军抽调了三艘‘三皇级’战列舰，加上一票重巡、轻巡和驱逐舰，组成了一支舰队，专门用来对付佐世保海军基地的岸防工事。即便，佐世保海军基地有完备的岸防设施，但帝国海军的‘三皇级’战列舰的410毫米主炮，同样能够将这些岸防工事给砸开的。另外。帝国海军的‘三皇级’战列舰的防御比较强悍，即便是在激烈的炮战当中被日军的岸防炮击中，也无伤大雅，不会造成致命的伤害的。因此，用‘三皇级’战列舰来对付佐世保海军基地，那无疑是最合适的。当然，如果海军陆战队第3师能够从侧后发起攻击，一举拿下佐世保海军基地的话，那就更好了。这样的话，也就不至于让帝国海军最新锐的战舰去冒险了。
黄帝纪元4621年9月6日。帝国海军陆战队第3师已经推进到了佐世保海军基地的后方了。海军陆战队第3师的侦察营，甚至已经摸到了距离佐世保海军基地仅仅一公里的日军防线上了。
日军在佐世保海军基地，部署了一个海军陆战队大队。另外还有日军第十八师团的一个旅团，总兵力八千多人。另外，在佐世保海军基地，还驻扎了一支岸防炮部队，负责操纵海军基地里面的岸防炮来对付海面上的目标。如果加上滞留在佐世保海军基地里面的海军官兵的话，整个基地一共有一万多名官兵。当然，这其中真正具备战斗力的，就只有日本陆军第十八师团的一个旅团，以及海军陆战队的那个大队了。而他们要面对的。则是帝国海军陆战队第3师，一个整编的海军陆战师。一共一万八千余人。在兵力上，帝国海军陆战队还是占据了决定性的优势的。另外。帝国海军陆战队还能够得到海军的大口径舰炮的支援。以至于帝国海军陆战队能够在战斗当中，进一步的占据优势。
9月6日上午，帝国海军进入到了距离佐世保海军基地不过十余公里的海面上。在这个距离上，帝国海军的三艘‘三皇级’战列舰，完全可以用大口径的主炮对佐世保海军基地进行炮击。当然，日本海军的岸防炮，也能够打到这里来。只是，能否击中在海面上高速移动的帝国海军的战列舰，这就很难说了。
在日本海军战败之后，日本海军联合舰队参谋长冈田启介中将下令在佐世保海军基地外围海域，部署了大量的水雷的。为了清除这些水雷，帝国海军调集了十余艘的扫雷艇，经过了三天的努力，才清扫出了一条安全的航道的。即便帝国海军的‘三皇级’战列舰防御力强悍，但如果碰上了水雷的话，损失也会比较惨重的。因此，帝国海军的‘三皇级’战列舰，在对佐世保海军基地炮击当中，需要极力避免进入这些水雷密布的海域。
“轰！轰！轰！”上午9点，帝国海军的‘伏羲’号战列舰首先开始了炮击。三座三联装410毫米主炮，向佐世保海军基地倾斜炮弹。十几秒钟之后，炮弹落入了佐世保海军基地内，发生了震天的爆炸。
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